************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP1A1.pha.txt CYP1A1.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP1A1.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP1A1.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP1A1.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP1A1.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 21 Positions of loci: 3407 3573 3672 3716 3952 3957 4829 5654 5891 5893 5953 5984 6234 6391 6396 6407 6661 6671 6761 6762 6859 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP1A1.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TGTCACCCCAGCCCCAATGGC 141.000000 2 TGTCACCCCAGCCCCAATGGA 3.000000 3 TGTCACCCCAGCCCTAGTGCA 2.000000 4 TGTCACCCCAGCTGCGATTGC 1.000000 5 TGTCACCCCAGGCCCAATGGC 1.000000 6 TGTCACCCCAACCCCAATGGC 1.000000 7 TGTCACCCCGGCCCCAATGGC 21.000000 8 TGTCACCCAAGCCCCAATGGC 4.000000 9 TGTCACCTCAGCCCCAATGGC 1.000000 10 TGCCACCCCAGCCCCAATGGC 2.000000 11 TGCTACCCCAGCCCCAATGGC 1.000000 12 TATCACCCCAGCCCCAATGGC 6.000000 13 TATCCGCCCAGCCCCAATGGC 1.000000 14 CGTCACCCCAGCCCCAATGGC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (1,1) #AA096: (1,1) #AA097: (1,1) #AA098: (1,1) #AA099: (1,3) #AA100: (1,4) #AA101: (1,10) #AA102: (1,11) #AA103: (1,1) #AA104: (1,1) #AA105: (1,1) #AA106: (1,3) #AA107: (1,1) #AA108: (1,1) #AA109: (1,1) #AA110: (1,1) #AC01: (1,1) #AC02: (1,1) #AC03: (1,1) #AC04: (1,1) #AC05: (1,8) #AC06: (1,8) #AC07: (1,6) #AC08: (1,7) #AC09: (1,7) #AC10: (1,7) #AC11: (1,8) #AC12: (1,8) #AC13: (1,7) #AC14: (1,1) #AC15: (1,1) #AC16: (1,7) #AC17: (1,1) #AC18: (1,1) #AC19: (1,1) #AC20: (1,1) #CA095: (1,1) #CA096: (1,1) #CA097: (1,1) #CA098: (1,1) #CA099: (1,1) #CA100: (1,1) #CH011: (1,7) #CH012: (1,12) #CH013: (7,7) #CH014: (1,1) #CH015: (1,1) #CH016: (1,7) #CH017: (1,7) #CH018: (1,7) #CH019: (1,1) #CH020: (1,7) #HD01: (1,1) #HD02: (1,1) #HD03: (1,1) #HD04: (1,1) #HD05: (1,1) #HD06: (1,1) #HD07: (1,1) #HD08: (1,1) #HD09: (1,1) #HD10: (1,1) #HS01: (1,1) #HS03: (1,9) #HS05: (1,10) #HS06: (1,7) #HS08: (1,1) #HS09: (1,1) #HS10: (1,1) #HS11: (1,1) #HS12: (1,1) #HS13: (1,2) #HS14: (2,2) #JA001: (1,1) #JA002: (1,7) #JA003: (1,12) #JA004: (1,1) #JA005: (1,7) #JA006: (1,12) #JA007: (7,14) #JA008: (1,1) #JA009: (1,1) #JA010: (1,1) #SEA001: (1,1) #SEA002: (1,1) #SEA003: (7,7) #SEA004: (1,7) #SEA005: (1,12) #SEA006: (1,13) #SEA007: (1,7) #SEA008: (1,12) #SEA009: (1,5) #SEA010: (7,12) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA096 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA097 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA098 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA099 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C T A G T G C A 0 #AA100 T G T C A C C C C A G C (C) (C) C (A) A T (G) G C T G T C A C C C C A G C (T) (G) C (G) A T (T) G C 0 #AA101 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G C C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA102 T G (T) C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G (C) T A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA103 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA104 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA105 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA106 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C T A G T G C A 0 #AA107 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA108 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA109 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AA110 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC01 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC02 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC03 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC04 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC05 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C A A G C C C C A A T G G C 0 #AC06 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C A A G C C C C A A T G G C 0 #AC07 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A A C C C C A A T G G C 0 #AC08 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #AC09 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #AC10 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #AC11 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C A A G C C C C A A T G G C 0 #AC12 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C A A G C C C C A A T G G C 0 #AC13 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #AC14 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC15 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC16 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #AC17 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC18 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC19 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #AC20 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA095 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA096 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA097 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA098 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA099 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CA100 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CH011 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #CH012 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CH013 T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #CH014 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CH015 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CH016 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #CH017 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #CH018 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #CH019 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #CH020 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #HD01 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD02 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD03 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD04 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD05 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD06 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD07 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD08 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD09 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HD10 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS01 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS03 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C T C A G C C C C A A T G G C 0 #HS05 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G C C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS06 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #HS08 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS09 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS10 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS11 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS12 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #HS13 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G A 0 #HS14 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G A T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G A 0 #JA001 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA002 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #JA003 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA004 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA005 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #JA006 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA007 (T) G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C (C) G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA008 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA009 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #JA010 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA001 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA002 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA003 T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #SEA004 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #SEA005 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA006 T (G) T C (A) (C) C C C A G C C C C A A T G G C T (A) T C (C) (G) C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA007 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C 0 #SEA008 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C 0 #SEA009 T G T C A C C C C A G C C C C A A T G G C T G T C A C C C C A G G C C C A A T G G C 0 #SEA010 T G T C A C C C C G G C C C C A A T G G C T A T C A C C C C A G C C C C A A T G G C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #AA096 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 #AA097 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA098 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA099 = = = = = = = = = = = = = = C = A = = G C = = = = = = = = = = = = = = T = G = = C A 0 #AA100 = = = = = = = = = = = = (C) (C) = (A) = = (G) = = = = = = = = = = = = = = (T) (G) = (G) = = (T) = = 0 #AA101 = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA102 = = (T) C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA104 = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA106 = = = = = = = = = = = = = = C = A = = G C = = = = = = = = = = = = = = T = G = = C A 0 #AA107 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 #AA108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA109 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA110 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #AC01 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC04 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #AC05 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 #AC06 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 #AC07 = = = = = = = = = = G = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = A = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #AC08 = = = = = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = G = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #AC09 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC10 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC11 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 #AC12 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = 0 #AC13 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC14 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC15 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC16 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC18 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC19 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA095 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA096 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 #CA097 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA098 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = 0 #CA099 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 #CA100 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH011 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #CH012 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH016 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #CH017 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #CH018 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #CH019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH020 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #HD01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD02 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD06 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD07 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS03 = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = 0 #HS05 = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS06 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS11 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS13 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = C = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = A 0 #HS14 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA002 = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = 0 #JA003 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA005 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #JA006 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA007 (T) = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = 0 #JA008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA004 = = = ? ? ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = G = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = A = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = 0 #SEA006 = (G) = = (A) (C) = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = (C) (G) = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA007 = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 #SEA010 = G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = A = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.68 0.82 = 0.82 = = 0.82 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = 0.67 = = 0.84 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS