************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP1A2.pha.txt CYP1A2.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP1A2.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP1A2.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP1A2.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP1A2.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 18 Positions of loci: 1792 2104 2110 2114 2897 4357 4403 4434 5003 5165 5414 5490 5538 6457 7856 7936 8193 8367 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP1A2.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TTGCCCACAGGCATCCTA 72.000000 2 TTGCCCACAGGCATCTTA 1.000000 3 TTGCCCACAGGCATTCTA 2.000000 4 TTGCCCACGGGCATCCCA 75.000000 5 TTGCCCACGGGTATCCCA 1.000000 6 TTGCCCACGCGCATCCCG 10.000000 7 TTGCCCACGCGCCTCCCG 1.000000 8 TTGCCCATAGGCATCCTA 1.000000 9 TTGCCCGCAGGCATCCTA 2.000000 10 TTGCCAACGGGCATCCCA 1.000000 11 TTGCCAACGGACATCCCA 4.000000 12 TTGCGAACGGGCATCCCA 2.000000 13 TTCCCCACGCGCATCCCG 3.000000 14 TGGCCCACGGGCACCCCG 8.000000 15 TGGTCCACGGGCACCCCG 1.000000 16 CTGCCCACGGGCATCCCA 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (1,4) #AA096: (1,4) #AA097: (1,11) #AA098: (4,4) #AA099: (4,11) #AA100: (1,4) #AA101: (1,14) #AA102: (4,14) #AA103: (1,1) #AA104: (4,4) #AA105: (1,1) #AA106: (4,11) #AA107: (1,4) #AA108: (1,4) #AA109: (1,11) #AA110: (4,4) #AC01: (4,14) #AC02: (1,1) #AC03: (4,16) #AC04: (4,16) #AC05: (1,1) #AC06: (1,1) #AC07: (1,14) #AC08: (1,4) #AC09: (1,6) #AC10: (1,6) #AC11: (3,4) #AC12: (3,4) #AC13: (1,4) #AC14: (1,9) #AC15: (1,9) #AC16: (4,4) #AC17: (1,4) #AC18: (1,4) #AC19: (1,1) #AC20: (1,1) #CA095: (1,1) #CA096: (1,4) #CA097: (1,1) #CA098: (4,8) #CA099: (1,1) #CA100: (1,1) #CH011: (4,14) #CH012: (4,4) #CH013: (1,4) #CH014: (1,1) #CH015: (4,4) #CH016: (4,6) #CH017: (4,14) #CH018: (4,4) #CH019: (4,13) #CH020: (4,13) #HD01: (14,15) #HD02: (1,2) #HD03: (1,1) #HD04: (1,4) #HD05: (1,4) #HD06: (1,4) #HD07: (1,4) #HD08: (1,1) #HD09: (4,5) #HD10: (1,4) #HS01: (1,6) #HS03: (1,4) #HS05: (4,14) #HS06: (4,4) #HS08: (1,1) #HS09: (1,4) #HS10: (1,1) #HS11: (1,1) #HS12: (1,1) #HS13: (4,12) #HS14: (10,12) #JA001: (4,4) #JA002: (4,4) #JA003: (1,4) #JA004: (4,6) #JA005: (1,4) #JA006: (4,4) #JA007: (4,6) #JA008: (1,13) #JA009: (4,6) #JA010: (1,1) #SEA001: (1,1) #SEA002: (4,4) #SEA003: (4,4) #SEA004: (4,4) #SEA005: (1,4) #SEA006: (4,7) #SEA007: (4,6) #SEA008: (4,6) #SEA009: (4,6) #SEA010: (4,4) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA096 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA097 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C A A C G G A C A T C C C A 0 #AA098 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA099 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C A A C G G A C A T C C C A 0 #AA100 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA101 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #AA102 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #AA103 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AA104 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA105 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AA106 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C A A C G G A C A T C C C A 0 #AA107 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA108 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AA109 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C A A C G G A C A T C C C A 0 #AA110 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC01 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #AC02 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AC03 T T G C C C A C G G G C A T C C C A C T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC04 T T G C C C A C G G G C A T C C C A C T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC05 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AC06 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AC07 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #AC08 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC09 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #AC10 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #AC11 T T G C C C A C A G G C A T (T) C T A T T G C C C A C G G G C A T (C) C C A 0 #AC12 T T G C C C A C A G G C A T (T) C T A T T G C C C A C G G G C A T (C) C C A 0 #AC13 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC14 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C G C A G G C A T C C T A 0 #AC15 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C G C A G G C A T C C T A 0 #AC16 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC17 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC18 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #AC19 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #AC20 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CA095 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CA096 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #CA097 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CA098 T T G C C C A (C) G G G C A T C C C A T T G C C C A (T) A G G C A T C C T A 0 #CA099 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CA100 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CH011 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #CH012 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #CH013 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #CH014 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #CH015 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #CH016 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #CH017 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #CH018 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #CH019 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T C C C C A C G C G C A T C C C G 0 #CH020 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T C C C C A C G C G C A T C C C G 0 #HD01 T G G C C C A C G G G C A C C C C G T G G T C C A C G G G C A C C C C G 0 #HD02 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C T T A 0 #HD03 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HD04 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HD05 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HD06 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HD07 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HD08 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HD09 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G T A T C C C A 0 #HD10 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HS01 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #HS03 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HS05 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T G G C C C A C G G G C A C C C C G 0 #HS06 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HS08 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HS09 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #HS10 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HS11 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HS12 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #HS13 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C G A A C G G G C A T C C C A 0 #HS14 T T G C C A A C G G G C A T C C C A T T G C G A A C G G G C A T C C C A 0 #JA001 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #JA002 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #JA003 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #JA004 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #JA005 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #JA006 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #JA007 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #JA008 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T C C C C A C G C G C A T C C C G 0 #JA009 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #JA010 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #SEA001 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C A G G C A T C C T A 0 #SEA002 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #SEA003 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #SEA004 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #SEA005 T T G C C C A C A G G C A T C C T A T T G C C C A C G G G C A T C C C A 0 #SEA006 T T G C C C A C G G G C (A) T C C C A T T G C C C A C G C G C (C) T C C C G 0 #SEA007 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #SEA008 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #SEA009 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G C G C A T C C C G 0 #SEA010 T T G C C C A C G G G C A T C C C A T T G C C C A C G G G C A T C C C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 = = = = ? = = = A = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = = G = = = = = ? ? ? ? 0 #AA096 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AA097 = = = = = C = = A = G = = = = = T = = = = = = A = = G = A = = = = = C = 0 #AA098 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA099 = = = = = C = = = ? G = = = = = = = = = = = = A = = = ? A = = = = = = = 0 #AA100 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AA101 = T = = = = = = A = = = = T = = T A = G = = = = = = G = = = = C = = C G 0 #AA102 = T = = = = = = = = = = = T = = = A = G = = = = = = = = = = = C = = = G 0 #AA103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA105 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 #AA106 = = = = = C = = = ? G = = = = = = = = = = = = A = = = ? A = = = = = = = 0 #AA107 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AA108 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AA109 = = = = = C = = A = G = = = = = T = = = = = = A = = G = A = = = = = C = 0 #AA110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC01 = T = = = = = = = ? = = ? T = = = A = G = = = = = = = ? = = ? C = = = G 0 #AC02 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC03 T = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC04 T = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? C = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? 0 #AC05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC06 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 #AC07 = T = = ? = = = A ? = = = T ? ? ? ? = G = = ? = = = G ? = = = C ? ? ? ? 0 #AC08 = = = = ? = = = A = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = = G = = = = = ? ? ? ? 0 #AC09 = = = = = = = = A G = = = = = = T A = = = = = = = = G C = = = = = = C G 0 #AC10 = = = = = = = = A G = = = = = = T A = = = = = = = = G C = = = = = = C G 0 #AC11 = = = = = = = = A = = = = = (T) = T = = = = = = = = = G = = = = = (C) = C = 0 #AC12 = = = = = = = = A = = = = = (T) = T = = = = = = = = = G = = = = = (C) = C = 0 #AC13 = = = = ? = = = A = = = = = = = T = = = = = ? = = = G = = = = = = = C = 0 #AC14 = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC15 = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = 0 #AC16 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC17 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AC18 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #AC19 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA095 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 #CA096 = = = = = = = = A = = = ? = = = T = = = = = = = = = G = = = ? = = = C = 0 #CA097 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 #CA098 = = = = ? = = (C) G = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = (T) A = = = = = ? ? ? ? 0 #CA099 = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? 0 #CA100 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH011 = T = = = = = = = = = = = T = = = ? = G = = = = = = = = = = = C = = = ? 0 #CH012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH013 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #CH014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH016 = = = = = = = = = G = = ? = = = = A = = = = = = = = = C = = ? = = = = G 0 #CH017 = T = = = = = = = = = = = T = = = A = G = = = = = = = = = = = C = = = G 0 #CH018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH019 = = G = = = = = = G = = = = = = = A = = C = = = = = = C = = = = = = = G 0 #CH020 = = G = = = = = = G = = = = = = = A = = C = = = = = = C = = = = = = = G 0 #HD01 = = = C = = = = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = = ? = = = 0 #HD02 = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HD05 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HD06 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HD07 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HD08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD09 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = 0 #HD10 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HS01 = = = = = = = = A G = = = = = = T A = = = = = = = = G C = = = = = = C G 0 #HS03 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HS05 = T = = = = = = = = = = = T = = = A = G = = = = = = = = = = = C = = = G 0 #HS06 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS09 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #HS10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS11 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS13 = = = = C C = = = = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = = = = = = = = 0 #HS14 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 #JA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA003 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #JA004 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #JA005 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #JA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA007 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #JA008 = = G = = = = = A G = = = = = = T A = = C = = = = = G C = = = = = = C G 0 #JA009 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #JA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA001 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 #SEA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = G = = = = = = = C = 0 #SEA006 = = = = = = = = = G = = (A) = = = = A = = = = = = = = = C = = (C) = = = = G 0 #SEA007 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #SEA008 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #SEA009 = = = = = = = = = G = = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = = = = G 0 #SEA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = ? = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = 1.00 ? = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = ? = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.64 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 0.64 = 1.00 = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0.52 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 0.99 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 0.99 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 0.52 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS