************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP2B6.pha.txt CYP2B6.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP2B6.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP2B6.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP2B6.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP2B6.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 92 Number of Loci: 48 Positions of loci: 2072 2305 2373 14748 14925 14948 15206 17298 17422 17423 17490 17585 17590 17639 17802 19530 19618 19678 19763 19816 19905 20008 20061 20174 20281 20500 20612 20635 20682 22805 22876 23019 27513 27556 27668 27874 27875 27891 28052 28101 28155 28602 28785 28807 28885 28929 28930 28951 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP2B6.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCAGAATTGCCCCGGATGCGTCAGACGACCCTCGCTAAACCTGAGCGT 1.000000 2 CCAGAATTGCCCCGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCTGAGCAC 1.000000 3 CCAGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAACCGGAGAGT 2.000000 4 CCAGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAACCGGTGAGT 1.000000 5 CCAGAATTGCCCCGGATACGTCAGACGACCCTCGCTAAACCGGAGCAC 1.000000 6 CCAGAATTGCCCCTGATACGTCGGACGACCCTCGCTAAACCGGAGCAC 1.000000 7 CCAGAATTGCCGCGGATGCATCAGACGACCCCCGCTAAATCGAAAAGT 1.000000 8 CCAGAATTGCCGCGGATACGTCAGACGACCCCCGCTAAATCGAAAAGT 3.000000 9 CCTGAATTGCCCCGGATGGACCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAGAGT 6.000000 10 CCTGAATTGCCCCGGATGGACCAGATGGCGCTCGCTAAACCGGAAAGT 1.000000 11 CCTGAATTGCCCCGGATGGACCAGGCGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 1.000000 12 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGATGGCGCTCGATAAACCTGAGCAC 1.000000 13 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAACCGGTGAGT 4.000000 14 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 39.000000 15 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAATCGGAGAGT 1.000000 16 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAATCTGAGCAC 1.000000 17 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCACTAAACCGGAGAGT 1.000000 18 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTTGCTAAATCGGAAAGT 2.000000 19 CCTGAATTGCCCCGGATGGGCCGGGTGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 2.000000 20 CCTGAATTGCCCCGGTTGGGCCAGATGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 1.000000 21 CCTGAATTGCCCCGAATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 1.000000 22 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAACCGGAGAGT 1.000000 23 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAACCGGTGAGT 26.000000 24 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAACCGGTGAAC 1.000000 25 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAATCGGAAAGT 1.000000 26 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGGACAGCCTTCGCTAAACCGGTGAGT 3.000000 27 CCTGAATTGCCCCTGACGGACCGCACGGCCTTCGCTAAACCGGTGAGT 1.000000 28 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCCCGCTAAACCGGAAAGT 1.000000 29 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAAAGT 5.000000 30 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAGAGT 2.000000 31 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAATCGGAGCAC 1.000000 32 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAGCCGGAGCAC 24.000000 33 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCAGAACCGGTGAGT 2.000000 34 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCAGATGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 2.000000 35 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCGGACGGCCCTCGCTAAGCCGGAGCAC 4.000000 36 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCCGGACGGCCCTCGCTAAGCGGGAGCAC 1.000000 37 CCTGAATTGCCCTGGATGGGCTAGACGGCCCTCGCTAAGCCGGAGCAC 1.000000 38 CCTGAATTGCCCTGGACGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGTGAGT 1.000000 39 CCTGAATTGCTCCGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAGATCGGAAAGT 1.000000 40 CCTGAATTGACCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAACCGGTGAGT 1.000000 41 CCTGAATTACCCCTGACGGACCGGACGGCCTTCGCTAAACCGGAGCAC 1.000000 42 CCTGANTTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAACCGGAAAGT 1.000000 43 CCTGANTTGCCCCGGATGGGCCAGGTGGCGCTCGCTAAATCGGAAAGT 1.000000 44 CCTGTATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAGAGT 11.000000 45 CCTGTATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCACTAAACCGGAGAGT 1.000000 46 CCTGTATTGCCCTGGATGGGCCAGACGGTCCTCGCAGAACCGGTGAGT 2.000000 47 CCTGTATTGCCCTGGATGGGCCACACGGCCCTCGCTAAACCGGAGAGT 2.000000 48 CCTGTATGGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAAAGT 1.000000 49 CCTGTATGGCCCTGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCGGAGAGT 1.000000 50 CTTGAATTGCCCCGGATGGACCAGATGGCGCTCGATAAACCTGAGCAC 1.000000 51 CTTGAAATGCCCCGGATGGGCCAGATGGCGCTCGCTAAACCGGAGAGT 1.000000 52 TCTCAATTGCCCCGGATGGACCAGACGGCCCTCGCTAAGCCGGAGCAC 1.000000 53 TCTCAATTGCCCCGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCTAAGCAC 1.000000 54 TCTCAATTGCCCCGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAACCTGAGCAC 6.000000 55 TCTCAATTGCCCCGGATGGGCCAGACGGCCCTCGCTAAGCCGGAGCAC 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA096: (7,23) #AA097: (3,30) #AA098: (24,50) #AA099: (5,54) #AA100: (8,28) #AA101: (23,23) #AA102: (39,14) #AA103: (4,32) #AA104: (40,41) #AA105: (6,23) #AA106: (8,53) #AA107: (1,2) #AA108: (8,23) #AA109: (3,29) #AA110: (14,9) #AC01: (35,49) #AC02: (32,48) #AC03: (14,44) #AC04: (14,9) #AC05: (38,35) #AC06: (19,23) #AC07: (14,32) #AC08: (14,9) #AC09: (23,55) #AC10: (23,52) #AC11: (29,46) #AC12: (29,46) #AC13: (14,29) #AC14: (11,23) #AC15: (23,23) #AC16: (23,29) #AC17: (14,32) #AC18: (14,35) #AC19: (32,44) #AC20: (32,44) #CA095: (23,25) #CA096: (14,32) #CA097: (16,54) #CA098: (14,9) #CA099: (14,9) #CA100: (14,9) #CH011: (14,32) #CH012: (14,32) #CH013: (14,44) #CH014: (15,32) #CH015: (23,32) #CH016: (23,44) #CH017: (32,44) #CH018: (42,43) #CH019: (54,55) #CH020: (14,44) #HD01: (27,47) #HD02: (14,14) #HD03: (32,32) #HD04: (14,32) #HD05: (31,32) #HD06: (18,23) #HD07: (17,45) #HD08: (14,30) #HD09: (14,54) #HD10: (23,33) #HS01: (23,51) #HS03: (14,32) #HS05: (12,44) #HS06: (13,23) #HS08: (14,33) #HS09: (14,14) #HS10: (14,32) #HS11: (13,37) #HS12: (13,54) #HS13: (10,23) #HS14: (14,20) #JA001: (44,47) #JA002: (32,54) #JA003: (18,22) #JA004: (14,14) #JA005: (32,36) #JA006: (23,23) #JA007: (14,21) #JA008: (14,14) #JA009: (14,14) #JA010: (14,23) #SEA001: (19,23) #SEA002: (32,44) #SEA003: (26,32) #SEA004: (14,34) #SEA005: (23,35) #SEA006: (14,32) #SEA007: (26,44) #SEA008: (13,26) #SEA009: (14,34) #SEA010: (23,32) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA096 C C A G A A T T G C C G C G G A T G C A T C A G A C G A C C C C C G C T A A A T C G A A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AA097 C C (A) G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G A G A G T C C (T) G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #AA098 C (C) T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A A C C (T) T G A A T T G C C C C G G A T G G A C C A G A T G G C G C T C G A T A A A C C T G A G C A C 0 #AA099 C C A G A A T T G C C C C G G A T A C G T C A G A C G A C C C T C G C T A A A C C (G) G A G C A C T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C (T) G A G C A C 0 #AA100 C C A G A A T T G C C G C G G A T A C G T C A G A C G A C C C C C G C T A A A T C G A A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C C C G C T A A A C C G G A [A] A G T 0 #AA101 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G [T] G A G T 0 #AA102 C C [T] G A A T T G C (T) C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A (G) A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C (C) C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A (A) A T C G G A A A G T 0 #AA103 C C (A) G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G T G A G T C C (T) G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AA104 C C T G A A T T (G) (A) C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T (A) (C) C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G A G C A C 0 #AA105 C C A G A A T T G C C C C T G A T A C G T C G G A C G A C C C T C G C T A A A C C [G] G A G C [A] [C] C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AA106 C C A G A A T T G C C G C G G A T A C G T C A G A C G A C C C C C G C T A A A T C G A A A A G T T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C T A A G C A C 0 #AA107 C C A G A A T T G C C C C G G A T [G] [C] G [T] C A G A C G [A] C C C T C G C T A A A C C T G A G C G T C C A G A A T T G C C C C G G A T [G] [G] G [C] C A G A C G [G] C C C T C G C T A A A C C T G A G C A C 0 #AA108 C C A G A A T T G C C G C G G A T A C G T C A G A C G A C C C C C G C T A A A T C G A A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AA109 C C (A) G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G A (G) A G T C C (T) G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A (A) A G T 0 #AA110 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] A G T 0 #AC01 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C G G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T G G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A [G] A G T 0 #AC02 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T G G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A [A] A G T 0 #AC03 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #AC04 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] [A] [G] [T] 0 #AC05 C C T G A A T T G C C C T G G A (C) G G G C C (A) G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A (T) G G G C C (G) G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AC06 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C G G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AC07 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A [T] C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A [G] C C G G A G [C] [A] [C] 0 #AC08 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] [A] [G] [T] 0 #AC09 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AC10 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T T C T C A A T T G C C C C G G A T G G A C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AC11 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A [A] A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G T C C T C G C A G A A C C G [G] [T] G A G T 0 #AC12 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A [A] A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G T C C T C G C A G A A C C G [G] [T] G A G T 0 #AC13 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A A A G T 0 #AC14 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G A C C A G G C G G C [G] C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AC15 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #AC16 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A A A G T 0 #AC17 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AC18 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C (A) G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C (G) G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #AC19 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #AC20 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #CA095 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #CA096 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CA097 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C T G A G C A C T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C T G A G C A C 0 #CA098 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] A G T 0 #CA099 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] [A] [G] [T] 0 #CA100 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G [G] [T] G G C [G] C T C G C T A A A [T] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C [C] [G] G A [T] G G [A] C C [A] G A C G G C C [C] T C G C T A A A C C G G [A] [G] A G T 0 #CH011 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CH012 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CH013 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #CH014 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CH015 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CH016 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #CH017 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #CH018 C C T G A N T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G A A A G T C C T G A N T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #CH019 T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C T G A G C A C T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #CH020 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #HD01 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G C A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A C A C G G C C C T C G C T A A A C C G G [A] G A G T 0 #HD02 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #HD03 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #HD04 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #HD05 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A T C G G A G C A C C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #HD06 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T T G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #HD07 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C A C T A A A C C G G A G A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C A C T A A A C C G G A G A G T 0 #HD08 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A (A) A G T C C [T] G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A (G) A G T 0 #HD09 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C T G A G C A C 0 #HD10 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C A G A A C C G G T G A G T 0 #HS01 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C T [T] G A A A T G C C C C G G A T G G G C C A G A T G G C [G] C T C G C T A A A C C G G [A] G A G T 0 #HS03 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A [T] C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #HS05 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A T G G C G C T C G A T A A A C C T G A G C A C C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #HS06 C C [T] G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #HS08 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C A G A A C C G G T G A G T 0 #HS09 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #HS10 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A [T] C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A [G] C C G G A [G] [C] [A] [C] 0 #HS11 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C (C) A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G [T] [G] A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C (T) A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #HS12 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G [T] G A G T T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C T [G] A G C A C 0 #HS13 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G A C C A G A [T] G G C [G] C T C G C T A A A [C] C G G A [A] A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #HS14 C C T G A A T T G C C C C G G (A) T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G (T) T G G G C C A G A T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #JA001 C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A C A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #JA002 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A (G) C C G G A G [C] [A] [C] T C T C A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A (A) C C [T] [G] A G C A C 0 #JA003 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T T G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #JA004 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #JA005 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C (A) G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C (G) G A C G G C C C T C G C T A A G C G G G A G C A C 0 #JA006 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #JA007 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G A A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #JA008 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #JA009 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #JA010 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #SEA001 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C G G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G [T] G A G T 0 #SEA002 C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #SEA003 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C A G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #SEA004 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #SEA005 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C G G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #SEA006 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C 0 #SEA007 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C A G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G T A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A A C C G G A G A G T 0 #SEA008 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C A G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T 0 #SEA009 C C T G A A T T G C C C C G G A T G G G C C A G G T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A T G G C G C T C G C T A A A T C G G A A A G T 0 #SEA010 C C T G A A T T G C C C C T G A C G G A C C G G A C G G C C T T C G C T A A A C C G G T G A G T C C T G A A T T G C C C T G G A T G G G C C A G A C G G C C C T C G C T A A G C C G G A G C A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA096 = ? ? = = = = = = = = G = G = = T = C = T = A = = = = A = = C C = = = = = = = T = = A A A = = = = ? ? = = = = = = = = C = T = = C = G = C = G = = = = G = = T T = = = = = = = C = = G T G = = = 0 #AA097 = = (A) = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = (T) = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0 #AA098 = (C) = = = = = = = = = = = T = = C = = = = = G = = C = = = ? T = = = C = = = = = = G = T = A = = = (T) = = = = = = = = = = = G = = T = = = = = A = = T = = = ? C = = = A = = = = = = T = A = C = = 0 #AA099 C = A G = = = = = = = = = = = = = A C = T = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = T = T C = = = = = = = = = = = = = G G = C = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = 0 #AA100 = = A = = = = = = = = G C = = = = A C = T = = = = = = A = ? = = = = = = = = = T = = ? ? ? ? ? = = = T = = = = = = = = C T = = = = G G = C = = = = = = G = ? = = = = = = = = = C = = ? ? ? ? ? = 0 #AA101 = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA102 = ? ? = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = (G) = = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = (A) = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA103 = = (A) = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = A = = = = T = A G T = = (T) = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = G = = = = A = C A C 0 #AA104 = = = = = = = = (G) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T = A G T = = = = = = = = (A) (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = C A C 0 #AA105 = = A = = = = ? = = = = = = = = T A C G T = = = = ? ? ? = ? C = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? = = T = = = = ? = = = = = = = = C G G A C = = = = ? ? ? = ? T = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA106 C = A G = = = = = = = G = = = = = A C = T = = = = = = A = ? = C = = = = = = = T = G = = A A G T T = T C = = = = = = = C = = = = = G G = C = = = = = = G = ? = T = = = = = = = C = T = = G C A C 0 #AA107 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C 0 #AA108 = = A = = = = = = = = G = G = = T A C G T = A = = = = A = ? C C = = = = = = = T = = A A A = = = = = T = = = = = = = = C = T = = C G G A C = G = = = = G = ? T T = = = = = = = C = = G T G = = = 0 #AA109 = = (A) = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = (G) = = = = = (T) = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = (A) = = = 0 #AA110 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC01 = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC02 = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = G = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC03 = = = = A = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = = T = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = = C = = = = G = = = 0 #AC04 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC05 = ? ? = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = A G T = ? ? = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = C A C 0 #AC06 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = = = G T = = = G C = = = = = = = = T = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = = = A C = = = C T = = = = = = = = C = = = T G = = = 0 #AC07 ? ? ? = ? ? = ? ? ? ? = C = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = ? ? ? ? = T = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC08 ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC09 C = = G = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = = = = = = ? T = = = = = = = A = = = = T = A G T T = = C = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = = = = = = ? C = = = = = = = G = = = = A = C A C 0 #AC10 C = = G = = = = = = = = = T = = ? ? ? = = = G = = = = = = = T = = = = = = = A = = ? = T = A G T T = = C = = = = = = = = = G = = ? ? ? = = = A = = = = = = = C = = = = = = = G = = ? = A = C A C 0 #AC11 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = T A = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A G = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC12 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = T A = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = A G = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC13 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = = C = = = = = = = = 0 #AC14 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = = = A = G = = = = ? C = = = = = = = = T = = = A A ? ? ? = = = = = = = = = = = = = T = = C = = = = = G = A = = = = ? T = = = = = = = = C = = = T G ? ? ? 0 #AC15 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 0 #AC16 = ? ? = = = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = T G = = = = ? ? = = = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = = = = ? C = = = = = = = = = = = = A A = = = 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = A T = = = = A A G T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = G C = = = = G C A C 0 #AC18 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = (A) = G T = = = ? = = = = = = = = A T = = = = A A G T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = (G) = A C = = = ? = = = = = = = = G C = = = = G C A C 0 #AC19 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = A G T 0 #AC20 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = A G T 0 #CA095 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = = C = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = = T = ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA096 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? ? = = = G ? ? ? = G = = = = = = = = A T = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? ? = = = A ? ? ? = C = = = = = = = = G C = ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA097 C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = = C = = = = = = = = 0 #CA098 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA099 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA100 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CH011 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = = A T = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = = G C = ? ? ? ? ? ? ? 0 #CH012 ? ? ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = = A T = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = = G C = ? ? ? ? ? ? ? 0 #CH013 = = = = A = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = = = T = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = = = C = = = = G = = = 0 #CH014 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = A T = ? = = = A G T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = G C = ? = = = C A C 0 #CH015 = = = = = = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = T = A G T = = = = = = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = A = C A C 0 #CH016 = ? ? = A = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? = T = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 #CH017 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = C A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = A G T 0 #CH018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = 0 #CH019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = A = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = G = = G = = = = = = 0 #CH020 = = = = A = = = = = = = C = = = ? ? ? ? = = = = G T = = = G = = = = = ? ? = = T = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = T = = = ? ? ? ? = = = = A C = = = C = = = = = ? ? = = C = = = = G = = = 0 #HD01 = = = = A = = = = = = = C T = = C = = A = ? ? = = = = = = ? T = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = = = = = = T G = = T = = G = ? ? = = = = = = ? C = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #HD02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G ? = = = G = = = = = = = = A T = = = = A A G T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A ? = = = C = = = = = = = = G C = = = = G C A C 0 #HD05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G C = = = = = = = = 0 #HD06 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = G T = = = G C = T = = = = = = T = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = A C = = = C T = C = = = = = = C = = = T G = = = 0 #HD07 = = = = A = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD08 = ? ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T ? ? = G = = = = = = = = = T = = = = (A) = = = = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C ? ? = C = = = = = = = = = C = = = = (G) = = = 0 #HD09 C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = = = = = T = G = = A A G T T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = = = = = C = T = = G C A C 0 #HD10 = = = = = = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = = = = = T = = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = = = = = C = = = = A G = = = = = = = = = = = 0 #HS01 = C ? = = = T = = = = = = T = = C = = A = = G = = C = = = ? T = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = T ? = = = A = = = = = = G = = T = = G = = A = = T = = = ? C = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #HS03 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? C 0 #HS05 = ? ? = A = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = A = = = = = = T = = = C A C = ? ? = T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = C = = = = = = G = = = A G T 0 #HS06 = ? ? = = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = G T = = = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = A C = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = ? = = = = = T A = = T = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = ? = = = = = A G = = C = = = T G = = = 0 #HS09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 0 #HS10 = ? ? = = = = = = = = = C = = = ? ? ? ? ? ? ? = G ? ? ? = G = = ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = T = = = ? ? ? ? ? ? ? = A ? ? ? = C = = ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #HS11 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = (C) = = G ? ? ? = ? = = = = = = = = A = = ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = (T) = = A ? ? ? = ? = = = = = = = = G = = ? = ? ? ? ? ? 0 #HS12 C = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = G T = = = G = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? T = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = A C = = = C = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #HS13 = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? = = = = A = = ? ? ? = ? C = ? ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? = = = = G = = ? ? ? = ? T = ? ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? = = = 0 #HS14 = = ? = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #JA002 C = = ? = ? = = = = ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = (G) = = ? ? ? ? ? ? ? T = = ? = ? = = = = ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = (A) = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #JA003 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = G T = = = G C = T = = = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = A C = = = C T = C = = = = = = C = = = = G = = = 0 #JA004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = 0 #JA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA007 = ? ? = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA008 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA010 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = G T = = = ? C = = = = = = = = T = = = A A = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = A C = = = ? T = = = = = = = = C = = = T G = = = 0 #SEA001 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = = = G T = = = ? C = = = = = = = = T = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = = = A C = = = ? T = = = = = = = = C = ? ? ? ? ? ? ? 0 #SEA002 = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #SEA003 = = = = = = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = A = = = T = = = = = = = A = = = = T = A G T = = = = = = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = G = = = C = = = = = = = G = = = = A = C A C 0 #SEA004 = ? ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = = = = = = = = = = = = C T = = C = = A = = = = = = = = = ? T = = = = = = = A = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = T G = = T = = G = = = = = = = = = ? C = = = = = = = G = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #SEA006 = ? ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G T = = = G = = = = = = = = A T = = = = A A G T = ? ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A C = = = C = = = = = = = = G C = = = = G C A C 0 #SEA007 = = = = A = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = T = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 #SEA008 = = = = = = = = = = = = = G = = T = = G = = A = G T G = = G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = C = = A = = G = A C A = = C T = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA010 = = = = = = = = = = = = C T = = C = = A = = G = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = T = A G T = = = = = = = = = = = = T G = = T = = G = = A = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = A = C A C END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.71 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0.54 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.98 = 0.98 0.98 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = 0.85 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = 0.63 = = = = = = = = = = = = = 0.97 0.97 = = = ? = = = = = = = 0.61 = = = ? ? ? ? ? ? ? = = 0.69 = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = 0.96 0.96 = = = 0.96 = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.98 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.51 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 0.99 = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = ? 1.00 = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.69 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = 0.72 = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0.97 = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = 0.61 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? ? ? = ? ? = ? ? ? ? = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = 0.99 = = = = 0.99 = 0.99 0.99 0.99 0.99 = = 0.99 = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.99 = = ? = 0.99 = 0.99 0.99 0.99 = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = 0.98 0.98 = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = 0.97 0.97 = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 0.95 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.99 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.66 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 0.96 = ? = = = 0.97 0.97 0.97 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0.92 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 0.92 = = = = = = 0.98 = = = 0.98 0.98 = = = = = = = 0.99 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 0.97 = = = = 0.90 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? 1.00 = ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = 0.50 = = 0.98 ? ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = ? = ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = 1.00 = = ? ? ? = ? 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0.61 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = ? = ? = = = = ? ? ? ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = 0.87 = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 0.90 = = = = = = 0.95 = = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 0.98 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 0.98 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 END PHASEPROBS