************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP2C19.pha.txt CYP2C19.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP2C19.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP2C19.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP2C19.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP2C19.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 25 Positions of loci: 22505 22603 22687 22692 34609 34708 34896 34965 35087 39827 39955 40117 40251 41457 41823 79981 80043 102239 102463 102464 109409 109616 112314 112479 112811 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP2C19.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ATTGGTGAGTTTGGATCTCGTAAGG 31.000000 2 ATTGGTGAGTTTGGATCTCGTAAGA 1.000000 3 ATTGGTGAGTTTGGATCTCGTAGGG 1.000000 4 ATTGGTGAGTTTGGATCTCGCAAGG 85.000000 5 ATTGGTGAGTTTGGATCTTGCAAGG 1.000000 6 ATTGGTGAGTTTGGATGATGTAAGG 1.000000 7 ATTGGTGAGTTTGAATCTCGTAAGG 1.000000 8 ATTGGTGAGTTCGGATCTCGCAAGG 1.000000 9 ATTGGTGAGTGTGGATCTCGTAAGG 1.000000 10 ATTGGTGAGNTTGGAGCTCATAAGG 6.000000 11 ATTGGTGAGNTTGGAGCTCATAAAG 1.000000 12 ATTGGTGGGTTTGGATCTCGCAAGG 1.000000 13 ATTGGTGGGTTTGAGTGATGTAAGG 33.000000 14 ATTGGTGGGNTTGGAGCTCATAAGG 1.000000 15 ATTGGTAAGTTTGGATCTCGTAAGG 1.000000 16 ATTGGCGAGTTTGGATCTCGCAAGG 1.000000 17 ATTAGTGAGTTTGGATCTCGTAAGG 1.000000 18 ATCGGTGAANTTGGAGCTCATAAGG 1.000000 19 ACTGGTGAGTTTGGATCTCGTAAGG 1.000000 20 ACTGGTGAGNTTGGATCTCGTAAGG 2.000000 21 ACTGGTGAGNTTGGATCTCGCAAGG 6.000000 22 ACTGGTGAGNTTGAGTGATGTAAGG 1.000000 23 ACTGATGAGTTTGGATCTTGTCAGG 1.000000 24 ACTGATGAGTTTAGATCTCGTCAGG 5.000000 25 GTTGGTGAGTTTGGATCTCGCAAGG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (1,1) #AA096: (1,13) #AA097: (1,4) #AA098: (4,19) #AA099: (4,9) #AA100: (13,23) #AA101: (18,20) #AA102: (4,4) #AA103: (1,4) #AA104: (4,13) #AA105: (4,12) #AA106: (4,7) #AA107: (1,1) #AA108: (1,13) #AA109: (4,15) #AA110: (4,4) #AC01: (1,4) #AC02: (1,4) #AC03: (1,4) #AC04: (10,21) #AC05: (4,13) #AC06: (4,4) #AC07: (1,4) #AC08: (4,1) #AC09: (4,4) #AC10: (10,22) #AC11: (4,4) #AC12: (1,4) #AC13: (1,4) #AC14: (4,4) #AC15: (4,4) #AC16: (2,4) #AC17: (1,1) #AC18: (1,4) #AC19: (4,13) #AC20: (4,13) #CA095: (4,13) #CA096: (1,1) #CA097: (4,13) #CA098: (4,1) #CA099: (4,13) #CA100: (1,4) #CH011: (4,13) #CH012: (13,24) #CH013: (13,13) #CH014: (14,21) #CH015: (6,13) #CH016: (4,4) #CH017: (13,24) #CH018: (4,13) #CH019: (10,21) #CH020: (4,4) #HD01: (4,8) #HD02: (4,4) #HD03: (4,4) #HD04: (4,4) #HD05: (1,1) #HD06: (4,13) #HD07: (4,4) #HD08: (1,13) #HD09: (4,4) #HD10: (10,20) #HS01: (4,4) #HS03: (4,4) #HS05: (1,1) #HS06: (5,13) #HS08: (1,1) #HS09: (4,13) #HS10: (4,4) #HS11: (1,4) #HS12: (4,13) #HS13: (4,17) #HS14: (3,13) #JA001: (13,13) #JA002: (4,24) #JA003: (4,4) #JA004: (10,21) #JA005: (4,13) #JA006: (4,4) #JA007: (4,4) #JA008: (4,13) #JA009: (13,13) #JA010: (4,24) #SEA001: (11,21) #SEA002: (4,16) #SEA003: (1,24) #SEA004: (13,25) #SEA005: (4,4) #SEA006: (13,13) #SEA007: (4,4) #SEA008: (4,4) #SEA009: (4,13) #SEA010: (10,21) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA096 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AA097 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AA098 A (T) T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A (C) T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA099 A T T G G T G A G T (T) T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T (G) T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA100 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A C T G A T G A G T T T G G A T C T T G T C A G G 0 #AA101 A T (C) G G T G A (A) N T T G G A G C T C A T A A G G A C (T) G G T G A (G) N T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA102 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AA103 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AA104 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AA105 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G [C] A A G G A T T G G T G G G T T T G G A T C T C G [C] A A G G 0 #AA106 A T T G G T G A G T T T G (G) A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G (A) A T C T C G T A A G G 0 #AA107 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA108 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AA109 A T T G G T (G) A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T (A) A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AA110 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G [C] A A G G 0 #AC01 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC02 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC03 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC04 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G [C] A A G G 0 #AC05 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AC06 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC07 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC08 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G [T] A A G G 0 #AC09 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC10 A (T) T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A (C) T G G T G [A] G N T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AC11 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC12 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC13 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC14 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC15 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC16 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G (T) A A G A A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G (C) A A G G 0 #AC17 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #AC18 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #AC19 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #AC20 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CA095 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CA096 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #CA097 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CA098 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G [T] A A G G 0 #CA099 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G [C] A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CA100 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #CH011 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CH012 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A C T G A T G A G T T T A G A T C T C G T C A G G 0 #CH013 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CH014 A T T G G T G (G) G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G (A) G N T T G G A T C T C G C A A G G 0 #CH015 A T T G G T G A G T T T G G A T G A T G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CH016 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #CH017 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A C T G A T G A G T T T A G A T C T C G T C A G G 0 #CH018 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #CH019 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G C A A G G 0 #CH020 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD01 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T C G G A T C T C G C A A G G 0 #HD02 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD03 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD04 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD05 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #HD06 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #HD07 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD08 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #HD09 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HD10 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G T A A G G 0 #HS01 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HS03 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HS05 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #HS06 A T T G G T G A G T T T G G A T C T T G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #HS08 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #HS09 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #HS10 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HS11 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #HS12 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #HS13 A T T (G) G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T (A) G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G 0 #HS14 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A (G) G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A (A) G G 0 #JA001 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #JA002 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A C T G A T G A G T T T A G A T C T C G T C A G G 0 #JA003 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #JA004 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G C A A G G 0 #JA005 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #JA006 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #JA007 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #JA008 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #JA009 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #JA010 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A C T G A T G A G T T T A G A T C T C G T C A G G 0 #SEA001 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A (A) G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G C A A (G) G 0 #SEA002 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G C G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #SEA003 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G T A A G G A C T G A T G A G T T T A G A T C T C G T C A G G 0 #SEA004 (A) T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G (G) T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #SEA005 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #SEA006 A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #SEA007 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #SEA008 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G 0 #SEA009 A T T G G T G A G T T T G G A T C T C G C A A G G A T T G G T G G G T T T G A G T G A T G T A A G G 0 #SEA010 A T T G G T G A G N T T G G A G C T C A T A A G G A C T G G T G A G N T T G G A T C T C G C A A G G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0 #AA096 = = = = = = ? ? = = = = = G A ? C T C = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = A G ? G A T = = = = = = 0 #AA097 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = T = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = C = = ? ? 0 #AA098 = (T) = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = C = = = = = (C) = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = T = = = = 0 #AA099 = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = T = = = = 0 #AA100 = T = = G ? ? ? = = = = = A G ? G A = = = A = = ? = C = = A ? ? ? = = = = = G A ? C T = = = C = = ? 0 #AA101 = T (C) = = = = = (A) = ? ? ? = = G = = = A = = = = = = C (T) = = = = = (G) = ? ? ? = = T = = = G = = = = = 0 #AA102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AA104 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #AA105 = = = = ? = = A ? ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = G ? ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = 0 #AA106 = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = T = = = = 0 #AA107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA108 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = = = = = = 0 #AA109 = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = T = = = = 0 #AA110 = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = ? 0 #AC01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC02 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC04 ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? = = G = = = A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? = = T = = = G ? ? ? ? ? 0 #AC05 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #AC06 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC07 ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = T = ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = C = ? ? = 0 #AC08 ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 #AC09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC10 = (T) = = = = ? ? ? = ? ? ? G A G C T C A = = = = = = (C) = = = = ? ? ? = ? ? ? A G T G A T G = = = = = 0 #AC11 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 #AC12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC13 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC14 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC15 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC16 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = (T) = = = A = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = (C) = = = G 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC18 = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #AC19 = = = = = = = A = ? ? ? ? G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = ? ? ? ? A G = G A T = T = = = = 0 #AC20 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #CA095 = = = = = = = A = = = = = G A ? C T C = C = ? ? ? = = = = = = = G = = = = = A G ? G A T = T = ? ? ? 0 #CA096 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA097 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #CA098 ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 #CA099 ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = G A = C T C = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = A G = G A T = ? ? ? ? ? 0 #CA100 ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = T = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = C = ? ? ? 0 #CH011 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #CH012 = T = = G = = G = = = = ? A G ? ? A T = = A = = = = C = = A = = A = = = = ? G A ? ? T C = = C = = = 0 #CH013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH014 = T = = = = = (G) = = ? ? ? = = G = = = A T = = = = = C = = = = = (A) = = ? ? ? = = T = = = G C = = = = 0 #CH015 = = = = = = = A = = = = = G A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = = = = = = = = = = 0 #CH016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH017 = T = = G = = G = = = = G A G = G A T = = A = = = = C = = A = = A = = = = A G A = C T C = = C = = = 0 #CH018 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #CH019 = T = = = = = = = = ? ? ? = = G = = = A T = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T = = = G C = = = = 0 #CH020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD01 = = = = = = ? ? ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = 0 #HD02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD06 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #HD07 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD08 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = = = = = = 0 #HD09 = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD10 = T = = = = = = = = ? ? ? = = G = = = A = = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T = = = G = = = = = 0 #HS01 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS03 = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = 0 #HS05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS06 = = = = = = ? ? = = = = = G A = C T = = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = A G = G A = = T = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS09 = = = = = = ? ? = = = = = G A ? ? T C = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = A G ? ? A T = T = = = = 0 #HS10 = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = 0 #HS11 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = 0 #HS12 = = = = = = ? ? ? = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #HS13 = = = (G) = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = C = = ? = = = = (A) = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = T = = ? = 0 #HS14 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = = = (G) = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = = = (A) = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA002 = T = = G = = = = = = = G = = = = = = = C A = = = = C = = A = = = = = = = A = = = = = = = T C = = = 0 #JA003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA004 = T = = = = = = = = ? ? ? = = G = ? = A T = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T = ? = G C = = = = 0 #JA005 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #JA006 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 #JA007 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 #JA008 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA010 = T = = G = = = = = = = G = = ? = = = = C A = = = = C = = A = = = = = = = A = = ? = = = = T C = = = 0 #SEA001 = T = = = = = = = = ? ? ? = = G = = = A T = = (A) = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T = = = G C = = (G) = 0 #SEA002 = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = T = = G = = = = = = = G = = = = = = = = A = = = = C = = A = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = 0 #SEA004 (A) = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = (G) = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = 0 #SEA005 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 #SEA006 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = = = = = = = A = = = = = G A = C T C = C = = = = = = = = = = = G = = = = = A G = G A T = T = = = = 0 #SEA010 = T = = = = = = = = ? ? ? = = G = = = A T = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = T = = = G C = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = 0.51 = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? = 0.92 0.55 = = = = = 0.57 = ? ? ? = = 0.95 = = = 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? = ? ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.74 = = = = ? ? ? = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 0.56 = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = 0.60 = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 0.99 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0.90 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 0.50 = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 0.53 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = 0.99 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 0.52 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 0.51 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 0.99 = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = END PHASEPROBS