************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP2C8.pha.txt CYP2C8.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP2C8.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP2C8.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP2C8.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP2C8.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 26 Positions of loci: 3259 3566 3594 3624 3714 3778 3822 5769 5861 5912 5930 6006 12326 12342 12382 12399 12625 12638 28146 31995 32166 32196 32211 33586 33883 33948 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP2C8.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAGTGGGGAGTTAATACATACGCGCC 1.000000 2 CAGTGGGGAGTTGATACATACGCGCC 48.000000 3 CAGTGGGGAGTTGATGCATACGCGCC 1.000000 4 CAGTGGGGAGNTGATACATACGCGCC 4.000000 5 CAGNGGGGAGTTGATACATACGCGCC 12.000000 6 CAGNGGGGAGTTGATACATACGTGCC 1.000000 7 CAGNGGGGGGTTAATACAAACGCGCC 4.000000 8 CAGNGGGGGGTTAATACAAACGCGCT 1.000000 9 CGGTGGGGAGTTAATACAAACGCGCC 19.000000 10 CGGTGGGGAGTTAATACAAACGCGCT 1.000000 11 CGGTGGGGGGTTAACACAAACACGTC 1.000000 12 CGGTGGGGGGNTAATACATACGCGCC 7.000000 13 CGGTGGGAAGTAAATACAAACGCGCC 6.000000 14 CGGTGAGGAGTTAATACAAACGCGCC 1.000000 15 CGGTAGCGGGTTAATACAAGCGCGCC 12.000000 16 CGGNGGGGGGTTAATACAAACGCGCC 2.000000 17 CGGNGGGGGGTTAACACAAACACGTC 36.000000 18 CGGNGGGGGGTTAACAGAAACACGTC 1.000000 19 CGGNGGGGGGTTAGTACAAACGCGCC 1.000000 20 CGGNGGGGGGTTAGTACAAAAGCGCC 6.000000 21 CGGNGGGGGGNTAATACATACGCGCC 3.000000 22 CGGNGGGGGGNTAACACAAACACGTC 3.000000 23 CGGNGGGGGCTTAATACAAACGCGCC 1.000000 24 CGGNGAGGGGTTAATACAAACGCGCC 1.000000 25 CGGNAGCGGGTTAATACAAGCGCGCC 6.000000 26 CGANGGGGGGTTAATACTAACACATC 4.000000 27 TGGTGAGGAGTTAATACAAACGCGCC 2.000000 28 TGGNGAGGGGTTAATACAAACGCGCC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (1,2) #AA096: (2,27) #AA097: (20,20) #AA098: (2,14) #AA099: (5,26) #AA100: (17,28) #AA101: (7,19) #AA102: (2,9) #AA103: (7,17) #AA104: (5,17) #AA105: (8,26) #AA106: (2,10) #AA107: (9,12) #AA108: (2,27) #AA109: (20,20) #AA110: (2,16) #AC01: (9,15) #AC02: (9,15) #AC03: (2,9) #AC04: (2,16) #AC05: (17,25) #AC06: (15,15) #AC07: (9,15) #AC08: (15,15) #AC09: (2,2) #AC10: (7,17) #AC11: (2,15) #AC12: (2,9) #AC13: (4,12) #AC14: (5,20) #AC15: (2,2) #AC16: (4,12) #AC17: (13,13) #AC18: (2,9) #AC19: (17,25) #AC20: (17,25) #CA095: (17,25) #CA096: (9,12) #CA097: (17,25) #CA098: (2,2) #CA099: (2,17) #CA100: (5,17) #CH011: (5,17) #CH012: (17,17) #CH013: (2,11) #CH014: (2,9) #CH015: (21,22) #CH016: (2,2) #CH017: (17,17) #CH018: (5,17) #CH019: (2,9) #CH020: (2,2) #HD01: (2,2) #HD02: (2,2) #HD03: (15,15) #HD04: (2,2) #HD05: (9,12) #HD06: (2,15) #HD07: (3,9) #HD08: (7,17) #HD09: (2,9) #HD10: (13,13) #HS01: (2,9) #HS03: (2,15) #HS05: (26,26) #HS06: (5,18) #HS08: (13,13) #HS09: (21,22) #HS10: (2,9) #HS11: (4,12) #HS12: (6,17) #HS13: (20,24) #HS14: (17,23) #JA001: (17,17) #JA002: (5,17) #JA003: (5,17) #JA004: (2,9) #JA005: (5,17) #JA006: (5,17) #JA007: (2,2) #JA008: (5,17) #JA009: (17,17) #JA010: (17,17) #SEA001: (2,9) #SEA002: (2,2) #SEA003: (21,22) #SEA004: (17,25) #SEA005: (4,12) #SEA006: (17,17) #SEA007: (2,2) #SEA008: (2,2) #SEA009: (17,17) #SEA010: (2,9) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 C [A] G T G G G G A G T T [A] A T A C A [T] A C G C G C C C A G T G G G G A G T T [G] A T A C A [T] A C G C G C C 0 #AA096 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C T G G T G A G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AA097 C G G N G G G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C C G G N G G G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C 0 #AA098 C A G T G (G) G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G (A) G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AA099 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G A N G G G G G G T T A A T A C T A A C A C A T C 0 #AA100 (C) G G N G (G) G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C (T) G G N G (A) G G G G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AA101 C [A] G N G G G G G G T T A A T A C A A A C G C G C C C [G] G N G G G G G G T T A G T A C A A A C G C G C C 0 #AA102 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AA103 C A G N G G [G] G G G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #AA104 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #AA105 C [A] G N G G G G G G T T A A T A C A A A C G C G C (T) C G A N G G G G G G T T A A T A C T A A C A C A T (C) 0 #AA106 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C (C) C [G] G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C (T) 0 #AA107 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #AA108 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C T G G T G A G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AA109 C G G N G G G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C C G G N G G G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C 0 #AA110 C [A] G T G G G G A G T T [G] A T A C A [T] A C G C G C C C [G] G [N] G G G G [G] G T T A A [T] A C A A A C [G] C G [C] C 0 #AC01 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC02 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC03 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AC04 C [A] G T G G G G A G T T [G] A T A C A [T] A C G C G C C C [G] G [N] G G G G [G] G T T A A [T] A C A A A C [G] C G [C] C 0 #AC05 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC06 C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC07 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC08 C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC09 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #AC10 C [A] G N G G G G G G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #AC11 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC12 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AC13 C A G T G G G G A G N T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #AC14 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C 0 #AC15 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #AC16 C A G T G G G G A G N T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #AC17 C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C 0 #AC18 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #AC19 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #AC20 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #CA095 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #CA096 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #CA097 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #CA098 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #CA099 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CA100 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH011 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH012 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH013 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C [G] G T G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH014 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #CH015 C [G] G N G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G N T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH016 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #CH017 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH018 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #CH019 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #CH020 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #HD01 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #HD02 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #HD03 C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #HD04 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #HD05 C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #HD06 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #HD07 C A G T G G G G A G T T G A T (G) C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T (A) C A A A C G C G C C 0 #HD08 C [A] G N G G G G G G T T A A T A C A A A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #HD09 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #HD10 C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C 0 #HS01 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #HS03 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #HS05 C G A N G G G G G G T T A A T A C T A A C A C A T C C G A N G G G G G G T T A A T A C T A A C A C A T C 0 #HS06 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A G A A A C A C G T C 0 #HS08 C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C C G G T G G G A A G T A A A T A C A A A C G C G C C 0 #HS09 C [G] G N G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G N T A A C A C A A A C A C G T C 0 #HS10 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #HS11 C A G T G G G G A G N T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #HS12 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G (T) G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A (C) G T C 0 #HS13 C G G N G (G) G G G G T T A G T A C A A A A G C G C C C [G] G N G (A) G G G G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #HS14 C G G N G G G G G (G) T T A A C A C A A A C A C G T C C [G] G N G G G G G (C) T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #JA001 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA002 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA003 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA004 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #JA005 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA006 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA007 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #JA008 C A G N G G [G] G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA009 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #JA010 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #SEA001 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C 0 #SEA002 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #SEA003 C [G] G N G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C C G G N G G G G G G N T A A C A C A A A C A C G T C 0 #SEA004 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N A G C G G G T T A A T A C A A G C G C G C C 0 #SEA005 C A G T G G G G A G N T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G G G N T A A T A C A T A C G C G C C 0 #SEA006 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #SEA007 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #SEA008 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C 0 #SEA009 C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C C G G N G G G G G G T T A A C A C A A A C A C G T C 0 #SEA010 C A G T G G G G A G T T G A T A C A T A C G C G C C C G G T G G G G A G T T A A T A C A A A C G C G C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 ? ? = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA096 C A = = = G = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = T G = = = A = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AA097 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA098 = ? = = = (G) = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = ? = = = (A) = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AA099 = ? G = = = ? = A = = = G = = = = A T = = G = G C = = ? A = = = ? = G = = = A = = = = T A = = A = A T = 0 #AA100 (C) = = = = (G) ? = = = = = = = C = = = = = = A = = T = (T) = = = = (A) ? = = = = = = = T = = = = = = G = = C = 0 #AA101 = ? = = = = ? ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = 0 #AA102 = A = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = G = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AA103 = A = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = G ? = C = = G = = = = ? = = = = = = = C = = = = = = A ? = T = 0 #AA104 = A = = = = ? ? A = = = G = T = = = T = = G = = C = = G = = = = ? ? G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #AA105 = ? G = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = G = G C (T) = ? A = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = A = A T (C) 0 #AA106 ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = (C) ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = (T) 0 #AA107 = ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = T = = = = = = = 0 #AA108 C ? = = = G = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = T ? = = = A = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AA109 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA110 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC01 = ? = = G = G ? ? ? = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = = A = C ? ? ? = = = = = = = = = G = = = = = = 0 #AC02 = = = = G = G ? ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = A = C ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = 0 #AC03 = A = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = G = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AC04 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC05 ? ? = = G = ? = = = = = = = C = = = = A = A = = T = ? ? = = A = ? = = = = = = = T = = = = G = G = = C = 0 #AC06 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC07 ? ? = = G = G ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = ? ? = = A = C ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = 0 #AC08 ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC09 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC10 = ? = = = = ? ? = = = = = = T = = = = = = G = = C = = ? = = = = ? ? = = = = = = C = = = = = = A = = T = 0 #AC11 = ? = = G = G ? ? = = = G = = = = = T A = ? ? = = = = ? = = A = C ? ? = = = A = = = = = A G = ? ? = = = 0 #AC12 = A = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = G = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AC13 = A = = = = = ? ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? = = A = = = = = = = = = = = = = 0 #AC14 = ? = = = = ? = A = = = G A = = = = T = C = = = = = = ? = = = = ? = G = = = A G = = = = A = A = = = = = 0 #AC15 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC16 = A = = = = = ? ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? = = A = = = = = = = = = = = = = 0 #AC17 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC18 = ? = = = = = ? ? = = = G = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #AC19 = ? = = G = ? = = = = = = = C = = = = A = A = = T = = ? = = A = ? = = = = = = = T = = = = G = G = = C = 0 #AC20 = ? = = G = ? ? = = = = = = C = = = = A = A = = T = = ? = = A = ? ? = = = = = = T = = = = G = G = = C = 0 #CA095 = ? = = G = ? ? = = = = = = C = = = = A = ? = = T = = ? = = A = ? ? = = = = = = T = = = = G = ? = = C = 0 #CA096 = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = T = = = = = = = 0 #CA097 = ? = = G = ? ? = = = = = = C = = = = A = A = = T = = ? = = A = ? ? = = = = = = T = = = = G = G = = C = 0 #CA098 ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = = = = ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = = = = ? ? = ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA099 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G = T = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A = C = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA100 = ? = = = = ? ? ? ? ? ? G = T = = = T ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? A = C = = = A ? ? ? ? ? ? = 0 #CH011 = A = = = = ? ? A = = = G = T = = = T = = G = = C = = G = = = = ? ? G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #CH012 = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH013 = ? = = = = ? ? A = = = G = T = = = T = = G = = C = = ? = = = = ? ? G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #CH014 = ? = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = 0 #CH015 = ? = = = = ? ? ? ? = = = = T = = = T = = ? ? = C = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = C = = = A = = ? ? = T = 0 #CH016 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH017 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH018 = ? = = = = ? = A = = = G = T = = = ? = = G = = C = = ? = = = = ? = G = = = A = C = = = ? = = A = = T = 0 #CH019 = ? = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #CH020 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD01 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD02 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD03 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD05 = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = T = = = = = = = 0 #HD06 = ? = = G = G ? ? = = = G = = = = = T A = = = = = = = ? = = A = C ? ? = = = A = = = = = A G = = = = = = 0 #HD07 = ? = = = = = ? = = = = G = = (G) = = T = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = A = = (A) = = A = = = = = = = 0 #HD08 = ? = = = = ? ? ? = = = = = T = = = = = ? ? ? = C = = ? = = = = ? ? ? = = = = = C = = = = = ? ? ? = T = 0 #HD09 = ? = = = = = ? ? = = = G = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #HD10 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS01 = ? = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #HS03 = ? = = G = G = A = = = G = = = = = T A = = = = = = = ? = = A = C = G = = = A = = = = = A G = = = = = = 0 #HS05 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS06 = ? = = ? = ? = A = = = G = T = C = T = = ? ? = C = = ? = = ? = ? = G = = = A = C = G = A = = ? ? = T = 0 #HS08 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS09 = ? = = = = ? ? ? ? = = = = T = = = T = = G = = C = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = C = = = A = = A = = T = 0 #HS10 = ? = = = = ? ? ? = = = G = = = = = T = = ? ? = ? ? = ? = = = = ? ? ? = = = A = = = = = A = = ? ? = ? ? 0 #HS11 = ? = = = = = ? ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = A = = = = = = = = = = = = = 0 #HS12 = ? = = = = ? = A = = = G = T = = = T = = G (T) = C = = ? = = = = ? = G = = = A = C = = = A = = A (C) = T = 0 #HS13 = ? = = = (G) ? ? ? ? = = = G = = = = = = A = = = = = = ? = = = (A) ? ? ? ? = = = A = = = = = = C = = = = = 0 #HS14 = ? = = = = = ? ? (G) = = = = C = = = = = = A = = T = = ? = = = = = ? ? (C) = = = = T = = = = = = G = = C = 0 #JA001 = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA002 = ? = = = = ? = A = = = G = T = = = T = = G = = C = = ? = = = = ? = G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #JA003 = A = = = = ? = A = = = G = T = = = T = = G = = C = = G = = = = ? = G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #JA004 = ? = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = 0 #JA005 = ? = = = = ? = A = = = G = T = = = T = = G = = C = = ? = = = = ? = G = = = A = C = = = A = = A = = T = 0 #JA006 = ? = = = = ? = A = = = G = T = = = ? = = ? ? = C = = ? = = = = ? = G = = = A = C = = = ? = = ? ? = T = 0 #JA007 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 #JA008 = A = = = = ? = A = = = G = T = = = ? = = G = = C = = G = = = = ? = G = = = A = C = = = ? = = A = = T = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA010 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA001 ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = A = = = = = = = 0 #SEA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = ? = = = = ? ? ? ? = = = = T = = = T = = G = = C = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = C = = = A = = A = = T = 0 #SEA004 = ? = = G = ? ? ? = = = = = C = = = = A = A = = T = = ? = = A = ? ? ? = = = = = T = = = = G = G = = C = 0 #SEA005 = ? = = = = = ? ? ? = = G = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = A = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 #SEA007 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA010 = ? = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.94 0.99 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0.58 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 0.62 = = = = 0.90 ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = ? ? = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.91 = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 0.51 ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = 0.50 = ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.93 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = = ? ? ? ? ? = = = = ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = 1.00 = = 0.50 = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? = 1.00 = = ? = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = ? ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? ? = ? ? = ? = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 0.54 = 1.00 = = ? = = = 0.72 ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = ? ? 0.53 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = END PHASEPROBS