************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP2C9.pha.txt CYP2C9.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP2C9.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP2C9.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP2C9.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP2C9.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 55 Positions of loci: 12775 12930 14777 14870 15019 15317 15416 15841 15914 16287 16306 16535 16577 16603 16712 16836 16988 17307 17349 21711 21748 23214 23361 23466 23493 46028 46337 55148 55221 55293 55298 55405 60118 60224 60272 62732 62735 62745 62760 62875 62977 63113 63133 63245 63337 63421 64783 64854 64915 64999 65873 66082 66177 66217 66236 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP2C9.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CTTTGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGTGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 2 CTTTGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 3 CTTTGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTACGTGGTACCAATCTCGTCTCT 3.000000 4 CTTTGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCAGCTATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 1.000000 5 CTTTGGTGCCGGTTACATGGGATGGAATCACCTATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 32.000000 6 CTTTGGTGCCGGTTACATGGGATGGAATCACCCATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 1.000000 7 CTTTGGTGCCGGTTACATGGGATGGAATCACTTATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 4.000000 8 CTTTGGTGCCGGTTACATGGGATGGAATTACCTATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 1.000000 9 CTTTGGTGCCGACTACATGGGATGGGATCACCTATGTGGCACCAATCTCCTCTGT 1.000000 10 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATGGGATCCCCTTTATGGCTCCAAACTCGTCTGT 5.000000 11 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATGGGATCCCCTTTATGGCTCCAAACTCGNCTGT 1.000000 12 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATGGGATCCCCTTTATGGCTCCAAACCCCTCTGT 1.000000 13 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATGTGATCCCCTTTATGGCTCCAAACTCGTCTGT 1.000000 14 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATAGGATCCCCTTTATGGCTCCAAACTCGTCTGT 1.000000 15 CTTTGGTGCCGACCGCATTGGATAGGATCCCCTTTATGCCTCCAAACTCGTCTGT 1.000000 16 CTTTGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAATCTCGTCTGT 4.000000 17 CTTTGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAATCCCCTCTGT 3.000000 18 CTTTGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAATATCCTCTGT 6.000000 19 CTTTGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAGTATCCTCTGT 1.000000 20 CTTTGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATAGCACGAATCCCCTCTGT 1.000000 21 CTTTGGTCCTGACTGCATGGAATGGGATCACCTATATGGCACGAATATCCTCTGT 1.000000 22 CTTTGGTCCTGACTGCGTGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAATCCCCTCTGT 1.000000 23 CTTTAGTGCCGGTTATATGGGATGGGATCACCTATGTGGCACCAATATTCTCNGT 1.000000 24 CTTTAGCGCCGACTGCATGCGATGGGATCACCTATGTGGCACCAATCTCGTCTGT 4.000000 25 CTTTAGCGCCGACTGCATGCGATGGGATCACCTATGTGGCACCAATCCCCTCTGT 3.000000 26 CTTTAGCGCCGACTGCATGCGATGGGATCACCTATGTGGCACCAATATTCTCNGT 1.000000 27 CTTAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 5.000000 28 CTTAGGTGCCGGCTACATGGGGTGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 29 CTTAGGTGCCGGCTACATGGGGTGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCNGC 2.000000 30 CTTAGGTGCCGGCTACAAGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 31 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 55.000000 32 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCNGT 2.000000 33 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGNCTGT 1.000000 34 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCGATCTCGTCTGT 1.000000 35 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAACCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 4.000000 36 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGATGGAACCACCTATAAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 37 CTCAGGTGCCGGCTACATGGGACGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 38 CTCAGGTGCCGACTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 2.000000 39 CTCAGGTGCCAGCTACATGGGATGGGATCACCTATGTGGCATCAATCTCCTCTGT 1.000000 40 CTCAGGTGTCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGAGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 41 CTCAGGTCCTGACTGCATGGGATGGGATCACCTATATGGCACGAATCTCGTCTGT 1.000000 42 CCTTGTTGCCGGCTACATGGGATGGAGTCACCTATGTGGCACCAATCTCGTCTGT 22.000000 43 CCTTGTTGCCGGCTACATGGGATGGAGTCACCTATGTGGCACCAATCTCGTTTGT 1.000000 44 CCTTGTTGCCGGCTACATGGGATGGAATCACCTATGTGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 45 CCTAGTTGCCGGCTACATGGGATGGAGTCACCTATGTGGCACCAATCTCGTCTGT 1.000000 46 GCTAGTTGCCGGCTACATGGGATGGAGTCACCTATGTGGCACCAATCTCCTCTGT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (42,42) #AA096: (3,5) #AA097: (29,32) #AA098: (38,39) #AA099: (31,45) #AA100: (23,26) #AA101: (1,14) #AA102: (5,31) #AA103: (31,42) #AA104: (24,31) #AA105: (27,46) #AA106: (28,31) #AA107: (42,42) #AA108: (3,5) #AA109: (29,32) #AA110: (9,31) #AC01: (16,42) #AC02: (16,42) #AC03: (31,43) #AC04: (10,31) #AC05: (5,17) #AC06: (18,18) #AC07: (18,21) #AC08: (18,18) #AC09: (5,5) #AC10: (5,12) #AC11: (2,41) #AC12: (31,42) #AC13: (27,31) #AC14: (16,38) #AC15: (31,35) #AC16: (27,31) #AC17: (42,42) #AC18: (31,42) #AC19: (8,31) #AC20: (5,31) #CA095: (5,22) #CA096: (42,42) #CA097: (6,17) #CA098: (5,31) #CA099: (5,42) #CA100: (5,42) #CH011: (5,31) #CH012: (7,25) #CH013: (5,7) #CH014: (10,31) #CH015: (5,27) #CH016: (31,31) #CH017: (5,25) #CH018: (5,31) #CH019: (10,37) #CH020: (31,31) #HD01: (31,36) #HD02: (31,31) #HD03: (18,19) #HD04: (31,31) #HD05: (42,42) #HD06: (5,20) #HD07: (15,31) #HD08: (5,30) #HD09: (31,35) #HD10: (10,42) #HS01: (31,35) #HS03: (16,35) #HS05: (42,42) #HS06: (5,31) #HS08: (42,42) #HS09: (5,31) #HS10: (31,31) #HS11: (31,44) #HS12: (5,31) #HS13: (3,31) #HS14: (4,25) #JA001: (5,5) #JA002: (24,31) #JA003: (5,31) #JA004: (10,31) #JA005: (5,31) #JA006: (31,31) #JA007: (31,31) #JA008: (5,31) #JA009: (5,7) #JA010: (24,31) #SEA001: (13,31) #SEA002: (31,31) #SEA003: (24,27) #SEA004: (5,17) #SEA005: (31,34) #SEA006: (5,5) #SEA007: (31,40) #SEA008: (31,31) #SEA009: (5,7) #SEA010: (11,33) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA096 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A C G T G G T A C C A A T C T C G T C T C T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #AA097 C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G G T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C N G C C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C N G T 0 #AA098 C T C A G G T G C C (G) (A) C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T [C] [A] G G T G C C (A) (G) C T A C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A T C A A T C T C C T C T G T 0 #AA099 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T A G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA100 C T T T A G T G C C G G [T] T A T A T G G G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T A T T C T C N G T C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T A T T C T C N G T 0 #AA101 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T (G) G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T (A) G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T 0 #AA102 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA103 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA104 C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA105 (C) T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C [T] C (G) T C T G T (G) C T A G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C [T] C (C) T C T G T 0 #AA106 C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G G T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA107 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AA108 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A C G T G G T A C C A A T C T C G T C T C T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #AA109 C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G G T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C N G C C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C N G T 0 #AA110 C T (T) (T) G G T [G] C [C] G [A] C T [A] C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T [G] T G G C A [C] [C] A A T C T C C T C T G T C T (C) (A) G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G [A] G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC01 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC02 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC03 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T (C) T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T (T) T G T 0 #AC04 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC05 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C C C C T C T G T 0 #AC06 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T 0 #AC07 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G A A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T 0 #AC08 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T 0 #AC09 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #AC10 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C C C C T C T G T 0 #AC11 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T [C] C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C T C G T C T G T 0 #AC12 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC13 C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC14 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G A C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC15 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A C C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC16 C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC17 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC18 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC19 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T (T) A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T (C) A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #AC20 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CA095 C T T T G G T G C C G G T T A C (A) T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C (G) T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T [G] G C A C G A A T C C C C T C T G T 0 #CA096 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CA097 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C (C) A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C (T) A T A T G G C A C G A A T C C C C T C T G T 0 #CA098 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CA099 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CA100 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH011 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH012 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C T T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #CH013 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C T T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #CH014 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH015 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH016 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH017 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #CH018 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH019 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A (T) G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A (C) G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #CH020 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD01 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A (T) C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A (C) C A C C T A T A A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD02 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD03 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T A T C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A G T A T C C T C T G T 0 #HD04 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD05 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD06 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T A G C A C G A A T C C C C T C T G T 0 #HD07 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T (A) G G A T C C C C T T T A T G (C) C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T (G) G A A T C A C C T A T G A G (G) C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD08 C T T T G G T G C C G G T T A C A (T) G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T A G G T G C C G G C T A C A (A) G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD09 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A C C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HD10 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS01 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A C C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS03 C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A C C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS05 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS06 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS08 C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A G T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS09 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS10 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS11 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C C T T G T T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS12 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS13 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A C G T G G T A C C A A T C T C G T C T C T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #HS14 C T T T G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A (G) C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A (C) C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #JA001 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #JA002 C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA003 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA004 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA005 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA006 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA007 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA008 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #JA009 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C T T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #JA010 C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA001 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G (T) G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G (G) A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA002 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA003 C T T T A G C G C C G A C T G C A T G C G A T G G G A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T T A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA004 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T C C T G A C T G C A T G G G A T G G G A T C A C C T A T A T G G C A C G A A T C C C C T C T G T 0 #SEA005 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C G A T C T C G T C T G T 0 #SEA006 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #SEA007 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G T C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA008 C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G T C T G T 0 #SEA009 C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T C T T T G G T G C C G G T T A C A T G G G A T G G A A T C A C T T A T G T G G C A C C A A T C C C C T C T G T 0 #SEA010 C T T T G G T G C C G A C C G C A T T G G A T G G G A T C C C C T T T A T G G C T C C A A A C T C G N C T G T C T C A G G T G C C G G C T A C A T G G G A T G G A A T C A C C T A T G A G G C A C C A A T C T C G N C T G T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 0 #AA096 = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = T = G = = = C = = = = = = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = = = = C = C = = = G = 0 #AA097 = = T = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = C = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = T 0 #AA098 = = ? ? = = = = = = (G) (A) = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = ? ? = = = = = = (A) (G) = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = T = = = = = = = C = = = = = 0 #AA099 = T C = = G = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T = = T = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA100 = = = = = = T ? = = ? ? ? ? ? T = = = G = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = ? ? ? ? ? C = = = C = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA101 ? ? = = = = = ? = = = G = T ? = = = G = = = = (G) = A = = = A = = = A = G = = = = A = = = = T = = ? = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = A = C ? = = = T = = = = (A) = G = = = C = = = T = A = = = = T = = = = A = = ? = = = = = = 0 #AA102 = = T T = = = ? = = = = T = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C ? C = = = = = = = C A = = = ? = = = = C = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T ? G = = = = = 0 #AA103 = T C A = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C T T = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 #AA104 = = T T A = C ? = = = A = = ? = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C A G = T ? = = = G = = ? = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA105 (C) T = = = G = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? (G) = = = = = (G) C = = = T = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? ? (C) = = = = = 0 #AA106 = = T = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = C = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = 0 #AA107 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA108 = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = T = = = = = = = T = G = = = C = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = C = = = = = = = C = C = = = G = 0 #AA109 = = T = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 #AA110 ? ? (T) (T) = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? G = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = C = = = = = ? ? (C) (A) = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? A = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = G = = = = = 0 #AC01 = T = = = G = C = T = A = = G = = = = = = = = = = G A = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = ? ? ? ? ? = C = = = T = G = C = G = = A = = = = = = = = = = A G = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 #AC02 = T = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = G A = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = C = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = A G = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = = = = = = = = 0 #AC03 = T C A = G = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = C T T = T = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = (T) = = = 0 #AC04 ? ? T T = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = T = = ? ? ? ? G = = = C = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? C A = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = G = = ? ? ? ? A = = = A = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 0 #AC05 = = = = = = = G = C = G T = A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = A C = G = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = 0 #AC06 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC07 = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = G ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = A ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 #AC08 = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = 0 #AC09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = 0 #AC10 = = = = = = = ? = = = G T T A = = = G = = = = = = A = = = A = = = A = G = = = = A ? ? ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A C C G = = = T = = = = = = G = = = C = = = T = A = = = = T ? ? ? = A = = = = = = = = = 0 #AC11 = = T T = = = ? = C = G = = A = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G A = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = C A = = = ? = T = A = = G = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A T = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 #AC12 = T C A = G = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T T = T = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC13 = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC14 = = T T = = = ? = T = = ? ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? = = = = G = = = ? = = = = = = = = = = C A = = = ? = C = = ? ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? = = = = C = = = ? = = = = = = = = 0 #AC15 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC16 = = T = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC18 = T C A = G = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T T = T = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC19 = = T T = = = = = = = = T = = = = = = = = ? = = = = = = (T) = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = = = = = = = = ? = = = = = = (C) = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #AC20 = = T T = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #CA095 = = = = = = = ? = C = G T = A ? (A) = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = T = A C = G ? (G) = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? G = = = = = ? = = = = = = 0 #CA096 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 #CA097 = = = = = = = G = C = G T = A = = = = = = = = = = A = = = = = = (C) = = G = = = = = = C = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = T = A C = G = = = = = = = = = = G = = = = = = (T) = = A = = = = = = G = = = ? = = = = = = = = 0 #CA098 ? ? T T = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = C = C = = = = = ? ? C A = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = T = G = = = = = 0 #CA099 ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = C = C = = = = = ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = T = G = = = = = 0 #CA100 ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = C = C = = = = = ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = G = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = T = G = = = = = 0 #CH011 = = T T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? C ? C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? T ? G = = = = = 0 #CH012 = = = = G = T = = = ? G T = ? = = = = G = = = = = A = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = ? A C = ? = = = = C = = = = = G = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH013 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH014 = = T T = = = ? = = = A = C ? = = = T = = = = = = G = = = C = = = T = A T = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = ? = = = G = T ? = = = G = = = = = = A = = = A = = = A = G A = = = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #CH015 = = = T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #CH016 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH017 = = = = G = T = = = = G T = A = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = = A C = G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH018 = = T T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #CH019 = = T T = = = ? = = = A ? C G = = = T = = = (T) = = G = = = C = = = T = A T = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = ? = = = G ? T A = = = G = = = (C) = = A = = = A = = = A = G A = = = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #CH020 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #HD01 = = ? = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = G = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = A = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 #HD02 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD05 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = 0 #HD06 = = = = = = = G = C = G ? ? ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = T = A ? ? ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = A = = = = G = = = = = = = = = = = = 0 #HD07 = = T T = = = = = = = A = C G = = = T = = = = (A) = G = = = C = = = T = A T = (C) = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = G = T A = = = G = = = = (G) = A = = = A = = = A = G A = (G) = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #HD08 = = = T = = = = = = = = T = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = = A = = = = = = = = C = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #HD09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = T = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = C = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD10 = T = = = G = = = = = A = C G = = = T = = = = = = G A = = C = = = T = A = = = = T = = = = A = = = = = = = = = = C = = = T = = = = = G = T A = = = G = = = = = = A G = = A = = = A = G = = = = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #HS01 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = T = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = C = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS03 = = T T = = = ? = T = A ? ? ? = = = = = = ? ? = = G = T = = = = = = = A T = = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = C A = = = ? = C = G ? ? ? = = = = = = ? ? = = A = C = = = = = = = G A = = = = ? C = = = = = = = = = = = = 0 #HS05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS06 = = T T = = = ? = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS09 = = T T = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #HS10 ? = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = 0 #HS11 = T C A = G = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C T T = T = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS12 = = T T = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = C ? C = = = = = = = C A = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = T ? G = = = = = 0 #HS13 ? ? T T = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = T = = T = = ? ? = = = = = = = = = C = ? ? C A = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = A = = C = = ? ? = = = = = = = = = G = 0 #HS14 = = = = G = T ? = = = G = = A = = = = G = = = = = A = = = = (G) = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C ? = = = A = = G = = = = C = = = = = G = = = = (C) = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA002 = = T T A = C = = = = A = = G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C A G = T = = = = G = = A = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA003 = = ? T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = ? A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #JA004 = = T T = = = = = = = A = C G = = = T = = = = = = G = = = C = = = T = A T = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = G = T A = = = G = = = = = = A = = = A = = = A = G A = = = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #JA005 = = T T = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #JA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA008 = = T T = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = C A = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T = G = = = = = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 #JA010 = = T T A = C = = = = A = = ? = = = = C = ? ? = = G = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C A G = T = = = = G = = ? = = = = G = ? ? = = A = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #SEA001 = = T T = = = ? = = = A = C G = = = T = = = = = (T) G = = = C = = = T = A T = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = ? = = = G = T A = = = G = = = = = (G) A = = = A = = = A = G A = = = A = = = = T = = = = = = = = = 0 #SEA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = = = T A = C = = = = A = = G = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G = T = = = = G = = A = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA004 = = = = = = = ? = C = G T = ? = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = A C = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = 0 #SEA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA007 = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA010 = = T T = = = = = = = A = C G = = = T = = = = = = G = = = C = = = T = A T = = = T = = = = A = = = = = = = = = = = C A = = = = = = = G = T A = = = G = = = = = = A = = = A = = = A = G A = = = A = = = = T = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = 0.64 0.58 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = 0.69 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.54 1.00 = = = 1.00 = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? 0.57 = = = = = = = 0.93 = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 0.75 0.75 = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? 0.95 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = = = 0.95 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = = ? ? 1.00 1.00 = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 0.98 = = = ? = 1.00 = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 0.50 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 0.50 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 0.51 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 0.50 = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 0.80 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 0.52 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 0.50 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = ? ? 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.60 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 0.51 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = END PHASEPROBS