************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP2E1.pha.txt CYP2E1.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP2E1.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP2E1.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP2E1.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP2E1.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 32 Positions of loci: 2879 3947 4113 4230 4272 7352 7370 7405 7448 7615 7687 7764 7823 8545 8708 8939 9240 9355 9409 12883 12998 13149 13186 13240 13374 14280 14368 14502 14521 14526 14532 14612 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP2E1.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CCGCCCCTCAATTGTCCCCGCGTCTCACTATA 5.000000 2 CCGCCCCTTAATTGTCCCCTCGACCCACTGTA 2.000000 3 CCGCCCCTTAATTGTCCCCTCCACCCACTGTA 1.000000 4 CCGCCCCGCAATTGTCCCCGCGTCTCACTATA 1.000000 5 CCGCCCCGCAATTGTCCCCGCGTCTGTCTATC 1.000000 6 CCGCCCCGCGGTTGCCCCCGCGTCTCACTATA 1.000000 7 CCGCCCCGCGGTTGCCCCCGTGTCTCATTATA 10.000000 8 CCGCCTCGCGGTTGTACCCGCGACCCACTATA 3.000000 9 CCGCCTCGCGGTTGTACCCGCGACCCACAGTA 1.000000 10 CCGCCTCGCGGTTGTACCCGCGAGCCACTATA 1.000000 11 CCGCCTCGCGGTTGTACCCTCGACCCACTATA 5.000000 12 CCGCCTCGCGGTTGTATCCGCGACCCACTATA 1.000000 13 CCGCTCCGCGGTTGTACCCGCGTCTCACTATA 8.000000 14 CCGCTCCGCGGTTGTACCCGCCACCCACTATA 4.000000 15 CCGCTCCGCGGTTGTACCCTCGACCCACTATA 3.000000 16 CCGCTCCGCGGTTGTACCCTCGACCCACAATA 2.000000 17 CCGCTCCGCGGTTGTACCCTCCACCCACTATA 5.000000 18 CCGCTCCGCGGTTGCCCCCGCGTCTCACTATA 4.000000 19 CCGCTCCGCGGTTGCCCCCGTGTCTCACTATA 1.000000 20 CCGCTCCGCGGTTGCCCCCTCGACCCACAGTA 62.000000 21 CCGCTCCGCGGTTGCCCCCTCCACCCACAGTA 41.000000 22 CCGCTCCGCGGTTGCCCCCTTCACCCACAGTA 1.000000 23 CCGCTCCGCGGTTGCCCACTCGACCCACAGTA 2.000000 24 CCGCTCCGCGGTTATACCCTCCACCCACAGTA 1.000000 25 CCGCTCCGCGGTTACCCCCTCGACCCACAGTA 1.000000 26 CCGCTCGGCGGTTGCCCCCTCCACCCACAGTA 2.000000 27 CCGTTCCGCGGTTGCCCCCTCCACCCACAGTA 2.000000 28 CCACCCCGCGGTTGTACCCTCGACCCACTATA 1.000000 29 CTGCTCCGCGGTCGCCCCCGCGTCTCACTATA 6.000000 30 NCGCCCCTCAACTGTCCCCTCGACCCACTGCA 1.000000 31 NCGCCCCGCGGTTGCCCCTGCGTCTCACTATA 4.000000 32 NCGCTCCTCGGTTGCCCCCGTGTCTCATTATA 1.000000 33 NCGCTCCGCGGTTGTACCCGCGTCTCACTATA 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (1,1) #AA096: (7,16) #AA097: (31,33) #AA098: (7,17) #AA099: (30,31) #AA100: (19,20) #AA101: (13,18) #AA102: (1,20) #AA103: (7,20) #AA104: (15,18) #AA105: (31,32) #AA106: (7,28) #AA107: (1,1) #AA108: (7,20) #AA109: (31,33) #AA110: (7,15) #AC01: (20,21) #AC02: (20,21) #AC03: (20,27) #AC04: (20,27) #AC05: (20,21) #AC06: (20,29) #AC07: (13,20) #AC08: (20,21) #AC09: (20,21) #AC10: (20,21) #AC11: (20,21) #AC12: (7,20) #AC13: (4,20) #AC14: (20,21) #AC15: (20,29) #AC16: (20,21) #AC17: (20,21) #AC18: (20,21) #AC19: (7,20) #AC20: (7,20) #CA095: (10,21) #CA096: (20,21) #CA097: (14,20) #CA098: (9,21) #CA099: (20,21) #CA100: (20,21) #CH011: (14,20) #CH012: (20,21) #CH013: (21,23) #CH014: (15,17) #CH015: (20,21) #CH016: (11,17) #CH017: (11,13) #CH018: (20,21) #CH019: (20,26) #CH020: (20,21) #HD01: (8,21) #HD02: (6,20) #HD03: (20,29) #HD04: (14,20) #HD05: (13,20) #HD06: (20,21) #HD07: (20,21) #HD08: (20,21) #HD09: (20,21) #HD10: (20,21) #HS01: (2,3) #HS03: (24,25) #HS05: (2,18) #HS06: (11,29) #HS08: (20,21) #HS09: (20,21) #HS10: (7,20) #HS11: (20,29) #HS12: (20,21) #HS13: (5,20) #HS14: (13,18) #JA001: (13,20) #JA002: (16,17) #JA003: (20,21) #JA004: (8,22) #JA005: (13,20) #JA006: (11,17) #JA007: (11,21) #JA008: (20,26) #JA009: (13,20) #JA010: (20,21) #SEA001: (14,23) #SEA002: (8,21) #SEA003: (12,21) #SEA004: (20,21) #SEA005: (20,29) #SEA006: (20,21) #SEA007: (20,21) #SEA008: (20,21) #SEA009: (20,21) #SEA010: (20,21) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 C C G C C C C T C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C C C C T C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA096 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G T [A] C C C T C G A C C C A C A A T A 0 #AA097 N C G C C C C G C G G T T G C C C C T G C G T C T C A C T A T A N C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA098 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C [C] A C C C A C T A T A 0 #AA099 N C G C C C C T C A A (C) T G T C C C C T C G A C C C A C T G (C) A N C G C C C C G C G G (T) T G C C C C T G C G T C T C A C T A (T) A 0 #AA100 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C G (T) G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T (C) G A C C C A C A G T A 0 #AA101 C C G C T C C G C G G T T G T [A] C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G [C] [C] C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA102 C C G C C C C T C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AA103 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AA104 C C G C T C C G C G G T T G (T) [A] C C C T C G A C C C A C T A T A C C G C [T] C C G C G G T T G (C) C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA105 N C G C C C C (G) C G G T T G C C C C T G C G T C T C A C T A T A N C G C T C C (T) C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A 0 #AA106 C C (G) C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C (A) C C C C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A 0 #AA107 C C G C C C C T C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C C C C T C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA108 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AA109 N C G C C C C G C G G T T G C C C C T G C G T C T C A C T A T A N C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AA110 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A 0 #AC01 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC02 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC03 C C G (C) T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G (T) T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC04 C C G (C) T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G (T) T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC05 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC06 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AC07 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AC08 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC09 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC10 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC11 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC12 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C [G] A C C C A C A G T A 0 #AC13 C C G C C C C G C A A T T G T C C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AC14 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC15 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #AC16 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C [C] A C C C A C A G T A 0 #AC17 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC18 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #AC19 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #AC20 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #CA095 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C G C G A (G) C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A (C) C C A C A G T A 0 #CA096 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C [C] A C C C A C A G T A 0 #CA097 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C (C) A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C (G) A C C C A C A G T A 0 #CA098 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C G C (G) A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C (C) A C C C A C A G T A 0 #CA099 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CA100 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CH011 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C (C) A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C (G) A C C C A C A G T A 0 #CH012 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CH013 C C G C T C C G C G G T T G C C C (C) C T C C A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C (A) C T C G A C C C A C A G T A 0 #CH014 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C C A C C C A C T A T A 0 #CH015 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CH016 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C C A C C C A C T A T A 0 #CH017 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #CH018 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CH019 C C G C T C (C) G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C (G) G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #CH020 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD01 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C G C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD02 C C G C (C) C C G C G G T T G C C C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C (T) C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #HD03 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #HD04 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C (C) A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C (G) A C C C A C A G T A 0 #HD05 C C G C T C C G C G G T T G [T] [A] C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #HD06 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD07 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD08 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD09 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HD10 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HS01 C C G C C C C T T A A T T G T C C C C T C G A C C C A C T G T A C C G C C C C T T A A T T G T C C C C T C C A C C C A C T G T A 0 #HS03 C C G C T C C G C G G T T A (T) [A] C C C T C (C) A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T A (C) C C C C T C (G) A C C C A C A G T A 0 #HS05 C C G C C C C T T A A T T G T C C C C T C G A C C C A C T G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #HS06 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #HS08 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HS09 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HS10 C C G C C C C G C G G T T G C C C C C G T G T C T C A T T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #HS11 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #HS12 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #HS13 C C G C C C C G C A A T T G T C C C C G C G T C T (G) (T) C T A T (C) C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C (C) (A) C A G T (A) 0 #HS14 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #JA001 C C G C T C C G C G G T T G [T] [A] C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #JA002 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C (G) A C C C A C A A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C (C) A C C C A C T A T A 0 #JA003 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C [C] A C C C A C A G T A 0 #JA004 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C G (C) G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T (T) C A C C C A C A G T A 0 #JA005 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #JA006 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C T C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G T A C C C T C C A C C C A C T A T A 0 #JA007 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C [T] C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #JA008 C C G C T C (C) G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C (G) G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #JA009 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C G T C T C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A 0 #JA010 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA001 C C G C T C C G C G G T T G T A C C C G C (C) A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C A C T C (G) A C C C A C A G T A 0 #SEA002 C C G C C T C G C G G T T G T A C C C G C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA003 C C G C C T C G C G G T T G T A (T) C C G C G A C C C A C T A T A C C G C T C C G C G G T T G C C (C) C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA004 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA005 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C T G C T C C G C G G T C G C C C C C G C G T C T C A C T A T A 0 #SEA006 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA007 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA008 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA009 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A 0 #SEA010 C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C G A C C C A C A G T A C C G C T C C G C G G T T G C C C C C T C C A C C C A C A G T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA096 = = = = C = = = = = = = = ? ? ? = = = ? T = T = T = = T T = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? ? = = = ? C = A = C = = C A = = = 0 #AA097 = = = = C = = = = = = = = = C C = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T A = = C = = = = = = = = = = = = = 0 #AA098 = = = = C = = = = ? = = = = C C = = = G T ? T = T = = T = = = = = = = = T = = = = ? = = = = T A = = = T C ? A = C = = C = = = = 0 #AA099 = = = = = = = T = A A (C) = = T = = = C T = = A = C = = = = G (C) = = = = = = = = G = G G (T) = = C = = = T G = = T = T = = = = A (T) = 0 #AA100 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? (T) = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? (C) = A = C = = = A G = = 0 #AA101 ? = = = ? = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 #AA102 = = = = C = = T = A A = = = ? ? = = = ? ? = T = T = = = T A = = = = = = T = = G = G G = = = ? ? = = = ? ? = A = C = = = A G = = 0 #AA103 = = = = C = = = = = = = = = = ? = = = ? T = T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = ? = = = ? C = A = C = = C A G = = 0 #AA104 = = = = ? = = = = = = = = = (T) ? = = = T = = A = C = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = (C) ? = = = G = = T = T = = = = = = = 0 #AA105 = = = = C = = (G) = = = = = = = ? = = T = C ? = = = = = C = = = = = = = = T = = (T) = = = = = = = ? = = C = T ? = = = = = T = = = = 0 #AA106 = = (G) = = = = = = = = ? = = C ? = = = G T = T = T = = T = = = = = = (A) = = = = = = = = ? = = T ? = = = T C = A = C = = C = = = = 0 #AA107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA108 = = = = C = = = = = = = = = = ? = = = ? T = T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = ? = = = ? C = A = C = = C A G = = 0 #AA109 = = = = C = = = = = = = = = C ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = T ? = = C = = = = = = = = = = = = = 0 #AA110 = = = = C = = = = = = = = = C C = = = G T = T = T = = T = = = = = = = = T = = = = = = = = = T A = = = T C = A = C = = C = = = = 0 #AC01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = = 0 #AC02 = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC03 = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC04 = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC06 = C = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = A = C = = = A G = = = T = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = T = T = = = T A = = 0 #AC07 = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #AC08 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = G = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = C = = = ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC11 ? = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC12 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? A = C = = C A G = = 0 #AC13 = = = = C = = = = A A = = = T ? = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = T = = = = G G = = = C ? = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #AC14 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC15 = C = = = = = = = = = = T = = ? = = = ? = = A = C = = = A G = = = T = = = = = = = = = = C = = ? = = = ? = = T = T = = = T A = = 0 #AC16 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC18 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #AC19 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? T = T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? C = A = C = = C A G = = 0 #AC20 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? T = T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? C = A = C = = C A G = = 0 #CA095 = = = = C T = = = ? = = = = T ? = = = G = G = (G) = = = = T A = = = = = = T C = = = ? = = = = C ? = = = T = C = (C) = = = = A G = = 0 #CA096 = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = 0 #CA097 = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = G = (C) = = = = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = T = (G) = = = = = = A G = = 0 #CA098 = = = = C T = = = ? = = = ? ? A = = = G = (G) = = = ? = = = = = = = = = = T C = = = ? = = = ? ? C = = = T = (C) = = = ? = = = = = = 0 #CA099 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CA100 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH011 = = = = = = = = = ? = = = = T ? = = = G = (C) = = = = = = T A = = = = = = = = = = = ? = = = = C ? = = = T = (G) = = = = = = A G = = 0 #CH012 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? C = = = = = = = = = = 0 #CH013 = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = G = = = = = = = = = = 0 #CH014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH016 = = = = C T = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH017 = = = = C T = ? ? ? = = = = = = = = = T = = A = C = = = = = = = = = = = T C = ? ? ? = = = = = = = = = G = = T = T = = = = = = = 0 #CH018 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH019 = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #CH020 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HD01 = = = = C T = = = = = = = = T ? = = = G = G = = = = = = T A = = = = = = T C = = = = = = = = C ? = = = T = C = = = = = = A G = = 0 #HD02 = = = = (C) = = = = ? = = = ? ? = = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = (T) = = = = ? = = = ? ? = = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #HD03 = C = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = A = C = = = A G = = = T = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = T = T = = = T A = = 0 #HD04 = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = G = (C) = = = = = = T A = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = T = (G) = = = = = = A G = = 0 #HD05 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #HD06 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HD07 = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HD08 = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HD09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HD10 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HS01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HS03 = = = = = = = = = = = = = = (T) ? = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) ? = = = = = (G) = = = = = = = = = = 0 #HS05 = = = = C = = T T A A = = = T = = = = T = = A = C = = = = G = = = = = = T = = G C G G = = = C = = = = G = = T = T = = = = A = = 0 #HS06 = C = = C T = = = ? = = T = T A = = = T = = A = C = = = = = = = = T = = T C = = = ? = = C = C C = = = G = = T = T = = = = = = = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = 0 #HS09 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = = = = 0 #HS10 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = G T = T = T = = T T A = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = T C = A = C = = C A G = = 0 #HS11 = C = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = A = C = = = A G = = = T = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = T = T = = = T A = = 0 #HS12 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #HS13 = = = = C = = = = A A = = = T = = = = G = = T = T (G) (T) = T A = (C) = = = = T = = = = G G = = = C = = = = T = = A = C (C) (A) = A G = (A) 0 #HS14 = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #JA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = T = = = 0 #JA003 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 #JA004 = = = = C T = = = = = = = = T ? = = = G (C) G = = = = = = T A = = = = = = T C = = = = = = = = C ? = = = T (T) C = = = = = = A G = = 0 #JA005 = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #JA006 ? = = = C T = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = = T C = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #JA007 ? = = = C T = = = = = = = ? ? A = = = ? = G = = = = = = T A = = ? = = = T C = = = = = = = ? ? C = = = ? = C = = = = = = A G = = 0 #JA008 = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = T A = = = ? = = T = T = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = C C = = = ? = = A = C = = = A G = = 0 #JA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA001 = = = = = = = = = = = = = = T A = C = G = (C) = = = = = = T A = = = = = = = = = = = = = = = = C C = A = T = (G) = = = = = = A G = = 0 #SEA002 = = = = C T = = = = = = = = T ? = = = G = G = = = = = = T A = = = = = = T C = = = = = = = = C ? = = = T = C = = = = = = A G = = 0 #SEA003 = = = = C T = = = = = = = = T A (T) = = G = G = = = = = = T A = = = = = = T C = = = = = = = = C C (C) = = T = C = = = = = = A G = = 0 #SEA004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = C = = = = = = = = = = T ? ? ? = = = ? = = A = C = = = A G = = = T = = = = = = = = = = C ? ? ? = = = ? = = T = T = = = T A = = 0 #SEA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 #SEA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 0.98 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 0.64 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 0.62 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.51 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = = ? = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? = = = ? ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = 0.90 ? = = = 0.99 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.97 = = 0.55 = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = = 0.57 = = = = = = = = ? = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.60 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.60 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 0.99 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = 0.97 = 0.52 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = 0.99 = 0.74 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 0.78 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 ? = = = 0.99 = 0.75 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.69 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = ? ? ? = = = = = = = = = 0.99 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.64 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? = = = 0.99 = 0.96 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.72 = = = = ? = = = ? ? = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = 0.99 = 0.73 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.82 ? = = = = = 0.72 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.51 0.51 = 1.00 1.00 = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.74 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 0.54 0.94 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? 1.00 = = = ? = 0.97 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 0.62 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 0.98 = 1.00 = 0.72 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = 0.96 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 0.50 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = 0.99 ? ? ? = = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = END PHASEPROBS