************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0.2 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /u1/install/phase.2.0.2.linux/PHASE -f1 CYP3A4.pha.txt CYP3A4.pha.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST CYP3A4.pha.out_freqs : haplotype frequency estimates CYP3A4.pha.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual CYP3A4.pha.out_recom : estimates of recombination parameters CYP3A4.pha.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 93 Number of Loci: 21 Positions of loci: 6844 13057 18108 21209 22508 22533 22658 22742 24033 24091 24197 26975 27135 29986 30103 32758 32989 33323 33435 33612 33793 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file CYP3A4.pha.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGGGCCGTTCCTACCGTCTTA 1.000000 2 CGGGCCGTTCCTACCGTCTNA 7.000000 3 CGGGCCGATCCTACCGTCTNA 2.000000 4 CGGGCCTTTCCTACCGTCTNA 22.000000 5 CGGGCCTTTCCTATCGTCTNA 2.000000 6 CGGGCCTTTCCTGCCGTCTTA 118.000000 7 CGGGCCTTTCCTGCCGTCTNA 11.000000 8 CGGGCCTTTCCTGCCGCTCTA 1.000000 9 CGGGCCTTTCCTGCCATCTTA 1.000000 10 CGGGCCTTTCCTGCNGTCTTA 2.000000 11 CGGGCCTTTCCCACCGTCTTA 1.000000 12 CGGGCCTTGCCTGCCGTCTTA 1.000000 13 CGGGCTGTTCCTACCGTCTTA 1.000000 14 CGGGGCTTTCCTACCGTCTNA 1.000000 15 CGGCCCTTTCCTGCCGTCTTA 2.000000 16 CGAGCCGTTCCTACCGTCTNA 4.000000 17 CGAGCCGTTCCTATCGTCTNA 5.000000 18 CGAGCCGTTCCTGCCGTCTTA 1.000000 19 CGAGCCGTTTTTACCGTCTNA 1.000000 20 CAGGCCTTTCCTGCCGTCTTA 1.000000 21 AGGGCCTTTCCTGCCGTCTTT 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY #AA095: (4,6) #AA096: (2,6) #AA097: (6,6) #AA098: (16,17) #AA099: (6,17) #AA100: (4,16) #AA101: (6,13) #AA102: (6,6) #AA103: (6,6) #AA104: (5,5) #AA105: (4,17) #AA106: (2,19) #AA107: (8,16) #AA108: (2,7) #AA109: (6,6) #AA110: (16,17) #AC01: (2,4) #AC02: (2,7) #AC03: (6,6) #AC04: (6,6) #AC05: (10,10) #AC06: (6,21) #AC07: (6,6) #AC08: (6,6) #AC09: (6,15) #AC10: (6,15) #AC11: (6,6) #AC12: (6,6) #AC13: (6,6) #AC14: (6,6) #AC15: (6,6) #AC16: (6,6) #AC17: (6,6) #AC18: (6,6) #AC19: (6,6) #AC20: (6,6) #CA095: (6,6) #CA096: (6,6) #CA097: (6,6) #CA098: (6,6) #CA099: (6,6) #CA100: (6,6) #CH011: (6,6) #CH012: (6,12) #CH013: (6,6) #CH014: (6,6) #CH015: (4,4) #CH016: (6,11) #CH017: (6,6) #CH018: (4,6) #CH019: (4,6) #CH020: (4,6) #HD01: (6,6) #HD02: (6,6) #HD03: (6,6) #HD04: (6,6) #HD05: (6,6) #HD06: (6,6) #HD07: (4,7) #HD08: (6,6) #HD09: (6,20) #HD10: (6,6) #HS01: (2,6) #HS03: (4,7) #HS05: (2,4) #HS06: (4,6) #HS08: (4,6) #HS09: (6,6) #HS10: (1,6) #HS11: (6,18) #HS12: (6,6) #HS13: (3,3) #HS14: (6,17) #JA001: (6,6) #JA002: (4,7) #JA003: (7,7) #JA004: (6,14) #JA005: (6,6) #JA006: (6,6) #JA007: (6,6) #JA008: (4,6) #JA009: (6,6) #JA010: (6,6) #SEA001: (6,9) #SEA002: (6,6) #SEA003: (6,6) #SEA004: (6,6) #SEA005: (4,6) #SEA006: (4,7) #SEA007: (4,4) #SEA008: (4,6) #SEA009: (4,7) #SEA010: (7,7) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 #AA095 C G G G C C [T] T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA096 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T [N] A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA097 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA098 C G A G C C G T T C C T A C C G T C T N A C G A G C C G T T C C T A T C G T C T N A 0 #AA099 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G A G C C G T T C C T A T C G T C T N A 0 #AA100 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G A G C C G T T C C T A C C G T C T N A 0 #AA101 C G G G C (C) T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C (T) G T T C C T A C C G T C T T A 0 #AA102 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA103 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA104 C G G G C C T T T C C T A T C G T C T N A C G G G C C T T T C C T A T C G T C T N A 0 #AA105 C G G G C C T T T C C T A (C) C G T C T N A C G A G C C G T T C C T A (T) C G T C T N A 0 #AA106 C G (G) G C C G T T (C) (C) T A C C G T C T N A C G (A) G C C G T T (T) (T) T A C C G T C T N A 0 #AA107 C G G G C C T T T C C T G C C G (C) (T) (C) T A C G A G C C G T T C C T A C C G (T) (C) (T) N A 0 #AA108 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #AA109 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AA110 C G A G C C G T T C C T A C C G T C T [N] A C G A G C C G T T C C T A [T] C G T C T N A 0 #AC01 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T [A] C C G T C T N A 0 #AC02 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #AC03 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC04 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T T A 0 #AC05 C G G G C C T T T C C T G C N G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C N G T C T T A 0 #AC06 (C) G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A (A) G G G C C T T T C C T G C C G T C T T T 0 #AC07 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T T A 0 #AC08 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T [T] A 0 #AC09 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G C C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC10 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G C C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC11 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC12 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC13 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC14 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC15 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC16 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC17 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC18 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC19 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #AC20 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CA095 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CA096 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CA097 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CA098 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T [T] A 0 #CA099 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T [T] A 0 #CA100 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T [G] C C G T C T T A 0 #CH011 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH012 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T G C C T G C C G T C T T A 0 #CH013 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH014 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH015 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T A C C G T C T [N] A 0 #CH016 C G G G C C T T T C C (T) G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C (C) A C C G T C T T A 0 #CH017 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH018 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH019 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #CH020 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD01 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD02 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD03 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD04 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD05 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD06 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD07 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #HD08 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD09 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C A G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HD10 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS01 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T [N] A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS03 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #HS05 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A 0 #HS06 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS08 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS09 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS10 C G G G C C G T T C C T A C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS11 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G A G C C G T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS12 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #HS13 C G G G C C G A T C C T A C C G T C T N A C G G G C C G A T C C T A C C G T C T N A 0 #HS14 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G A G C C G T T C C T A [T] C G T C T N A 0 #JA001 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA002 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #JA003 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #JA004 C G G G (C) C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G (G) C T T T C C T A C C G T C T N A 0 #JA005 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA006 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA007 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA008 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA009 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #JA010 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA001 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C A T C T T A 0 #SEA002 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA003 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA004 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA005 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA006 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #SEA007 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A 0 #SEA008 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T T A 0 #SEA009 C G G G C C T T T C C T A C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A 0 #SEA010 C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A C G G G C C T T T C C T G C C G T C T N A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 #AA095 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = A ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = G ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AA096 = = = = ? = G = = ? ? = A = = = = = ? ? ? = = = = ? = T = = ? ? = G = = = = = ? ? ? 0 #AA097 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #AA098 = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = 0 #AA099 = = G = = = T = = = = = G C = = = = = ? = = = A = = = G = = = = = A T = = = = = ? = 0 #AA100 = = G ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = = G = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA101 = = = ? = (C) T = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = ? = (T) G = = ? ? = ? = = = = = = = = 0 #AA102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA105 = = G = = = T = = = = = = (C) = = = = = = = = = A = = = G = = = = = = (T) = = = = = = = 0 #AA106 = = (G) = = = = = = (C) (C) = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = (T) (T) = = = = = = = = = = 0 #AA107 = = G = = = T = = ? ? = G = = = (C) (T) (C) ? = = = A = = = G = = ? ? = A = = = (T) (C) (T) ? = 0 #AA108 = = = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = 0 #AA109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AA110 ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = 0 #AC01 = = = = = = G = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = ? ? = = = = = = = = 0 #AC02 = = = ? = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = ? = = T = = = = = G = = = = = = = = 0 #AC03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC04 ? = ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC05 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 #AC06 (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 #AC07 = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC08 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #AC09 = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC10 = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC11 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 #AC12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC13 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC14 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC15 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 #AC16 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC17 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC18 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #AC19 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #AC20 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA095 = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CA096 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 #CA097 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #CA098 ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA099 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0 #CA100 ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = 0 #CH011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH012 = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = 0 #CH013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH014 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 #CH016 = = = = = = = = = ? = (T) G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = (C) A = = = = = = = = 0 #CH017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #CH018 = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = ? = 0 #CH019 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 #CH020 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 #HD01 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 #HD02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD06 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD07 = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = 0 #HD08 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 #HD09 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HD10 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS01 = = = = = = G = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = ? = 0 #HS03 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = 0 #HS05 = = = = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = = 0 #HS06 = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = ? = 0 #HS08 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 #HS09 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS10 = = = = = = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = 0 #HS11 = = G = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS12 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS13 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #HS14 = = G = = = T = = ? = = G ? ? = = = = ? = = = A = = = G = = ? = = A ? ? = = = = ? = 0 #JA001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA002 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = ? 0 #JA003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA004 = = = = (C) = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = = (G) = = = = = = = A = = = = = = ? = 0 #JA005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA008 = = = = = = = = = ? ? = A = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? = G = = = = ? ? ? = 0 #JA009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #JA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA001 = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = 0 #SEA002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA003 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA004 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 #SEA005 = = = = = = = = ? ? ? = A = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? = G = = = = = ? ? ? 0 #SEA006 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = 0 #SEA007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 #SEA008 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 #SEA009 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = 0 #SEA010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = ? = 0.96 = = ? ? = 0.97 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.99 = = = 0.99 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = 0.99 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0.52 1.00 = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 0.88 = = = = = = = = = 0.74 = = = = = = 0.86 0.82 = = = = = = = = = = = = 0.92 = = = 0.92 = = ? ? = 0.91 = = = 0.64 0.52 0.54 ? = = = = = = = 0.94 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = 0.94 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0.63 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = ? = = = = ? ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = 0.54 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 = = = = = 0.97 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? = = 1.00 ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0.99 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 0.99 = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS